بلاط إلى سجن اسكندرية واقام به إلى ان خنق بأمر العادل في 4 شعبان سنة 906 وفي اواخر رمضان سنة 906 حصلت فتنة بين طوائف المماليك ففر طومان باي واختفى ثم ضبط في ذي القعدة وقتل وعقب فراره تولى الامير قنصوه الغوري وتلقب بالملك الاشرف في مستهل شوال سنة 906 وفي سلطنته عزل الخليفة المستمسك بالله يعقوب حوالي سنة 921 وبويع ابنه محمد وتلقب بالمتوكل على الله وهو سادس عشر الخلفاء العباسيين وآخرهم بالديار المصرية وفي خلافته قصد السلطان الغازي سليم العثماني بلاد الشام ومصر ليفتحهعا بسبب التجاء اخيه كركود إلى مصر واحتمائه عند الغوري كما تراه مفصلا في هذا الكتاب وحصلت موقعة هائلة بين عساكر الغوري والعثمانيين بمرج دابق بجوار حلب في يوم الاحد 25 رجب سنة 922 24 اغسطس سنة 1516 فانتصر العثمانيون وقتل الغوري في اثناء القتال ودخل السلطان سليم مصر عقب ذلك في اوائل محرم سنة 923 وعقب واقعة مرج دابق اخذ امير المؤمنين المتوكل ضمن الاسرى فاكرمه السلطان سليم غاية الاكرام وبقي معه إلى ان ارسله إلى الاستانة وهناك حصلت المبايعة منه إلى السلطان سليم العثماني فانتقلت الخلافة الاسلامية إلى ملوك بني عثمان من ذلك التاريخ ولما وصل خبر موت الغوري إلى مصر اتفق الامراء بعد جدال وشقاق على تولية الامير طومان باي الثاني فبايعوه بالقلعة يوم الخميس 14 رمضان سنة 922 11 اكتوبر سنة 1416 وحضر البيعة امير المؤمنين يعقوب المستمسك بالله المعزول لوجود ابنه الخليفة الحالي بحلب ضمن اسرى السلطان سليم وكان تولى الخلافة بتوكيل مطلق من ولده المتوكل والقضاة والعلماء وقام طومان باي بمحاربة العثمانيين عدة اشهر ثم هرب والتجأ إلى الشيخ حسن بن مرعي احد مشايخ عربان البحيرة فاظهر له الصداقة ثم سلمه إلى السلطان سليم فشنقه على باب زويلة في