وأمر بأن يخطب لابنه موسى ولقبه الناطق بالحق وكان المأمون بخراسان فلما بلغه خبر هذا التغيير لم يقبله واجتمع حوله وبايعه كل من تحول عن الامين لانهماكه في الملاذ واحتجابه عن الناس وصرفه اوقاته فيما لا يعود على الخلافة بخير فجهز الامين جيشا لمحاربة اخيه المأمون واستمرت هذه الفتنة إلى سنة 197 ه وفيها تغلبت جيوش المأمون على جيوش الامين وحوصر الامين في بغداد مدة وقتل اخيرا في 25 محرم سنة 198 وعمره ثمان وعشرون سنة وبويع بالخلافة لاخيه المأمون وهو سابع بني العباس
وكان من اعماله خلع اخيه القاسم من ولاية العهد بما له من الحق بمقتضى عهد ابيه الرشيد واقام مكانه في سنة 210 علي الرضا بن موسى الكاظم بن جعفر الصادق بن محمد الباقر بن زين العابدين بن علي بن الحسين بن علي بن ابي طالب وخلع شعار بني العباس وهو السواد ولبس الخضرة شعار العلويين وامر جنده بذلك فنقم عليه العباسيون باخراجهم عن الخلافة وتآمروا على عزله وكان بمرو فعزله اهل بغداد وبايعوا ابراهيم بن المهدي العباسي في محرم سنة 202 ولما بلغ المأمون خبر خروج اهل بغداد عليه سار اليها من مرو ومعه علي الرضا وفي صفر سنة 203 توفى على الرضا فجأة بالطريق بمدينة طوس فصلى عليه المأمون ودفنه بجوار قبر والده الرشيد ثم ارسل إلى اهل بغداد يخبرهم بموته وبعودته إلى ما عهد به ابوه فتفرق الناس من حول ابراهيم بن المهدي ودخلها عسكر المأمون لكنهم لم يظفروا به بل اختفى وبقي مختفيا إلى ان ضبط في ربيع الآخر سنة 210 وعفى عنه