فحاربهم حتى قتلهم عن آخرهم وفي سنة 145 بايع اهل المدينة محمد بن عبد الله ابن الحسن بن الحسين الملقب بالنفس الزكية بالخلافة فارسل اليه ابو جعفر عيسى ابن موسى فحاربه وقتله مع كثير من اهل بيته في رمضان من السنة المذكورة وفي اثناء ذلك كان اخوه ابراهيم قد قصد البصرة وطلب البيعة من اهلها لاخيه محمد النفس الزكية فبايعوه ثم ارسل من استولى على الاهواز وواسط ولما اتاه خبر قتل اخيه سار بجموعه قاصدا الكوفة فلاقاه عيسى بن موسى وكان قد عاد من المدينة بعد موت محمد فحاربه حتى قتله وبذلك انتهت هذه الفتنة وامن المنصور جانب العلويين وفي اثناء هذه الفتن توفي ببغداد الامام الاعظم ابو حنيفة النعمان رضي الله عنه ثم تفرغ المنصور لبناء مدينة بغداد وانتقل اليها وتوفي في 6 ذي الحجة سنة 158 وعمره ثلاث وستون سنة ولم يتبع ما اوصى به العباس بل اوصى بالخلافة لابنه محمد المهدي وخلع عيسى ابن اخيه موسى من ولاية العهد
ومن اهم اعمال محمد المهدي تنظيمه البريد وتعميمه بين المدائن العظيمة وغزو الروم مرتين بمعرفة ابنه هرون الرشيد وفي ايامه ظهر بعض الزنادقة في حلب فجمعهم المهدي وقتلهم عن اخرهم ومزق كتبهم واستمرت خلافته عشر سنين وشهرا وتوفي في 22 محرم سنة 169 بماسندان وعمره 43 سنة فاخذ ولده هارون البيعة لاخيه موسى الهادي الذي كان يحارب بجرجان وفي خلافة موسى الهادي بن محمد المهدي ظهر الحسين بن علي بن الحسن بن الحسن