ارادت انكلترا ادخال الباب العالي فيها حتى تثبت اشتراكها وتحالفها معها بصفة دولية فلم تقبل الدولة ولا فرنسا بذلك واصر بونابرت على الاتفاق مع الدولة رأسا وتم الاتفاق بينهما في 23 صفر سنة 1217 25 يونيه سنة 1802 على ان ترجع مصر إلى الدولة مع كافة ما كان لها من الحقوق وان يقام في جزائر اليونان جمهورية مستقلة تحت حماية الباب العالي وكان ذلك بالاتفاق مع الروسيا وتعهدت الدولة العلية برد ما صودر من املاك الفرنساويين ببلادها ومنح فرنسا جميع امتيازاتها السابقة المضمونة لها بمعاهدة سنة 1740 وان يكون لمراكبها التجارية حق الملاحة في البحر الاسود اسوة بمراكب الروسيا وبعد ذلك اخلت انكلترا جيوشها عن مصر والاسكندرية في ذي القعدة سنة 1217 شهر فبراير سنة 1803

وفي هذه الاثناء حصلت في داخلية الدولة بعض اضطرابات بسبب شروع السلطان سليم الثالث في تنظيم الجيوش على النظام الجديد فان الانكشارية لم ينظروا لهذه اللاصلاحات العسكرية بعين الارتياح لخوفهم من ان تكون مقدمة لالغاء وجاقاتهم فلما مات الجنرال دوبايت الفرنساوي الذي كان استحضر لتدريب النظام في سنة 1797 سعى الانكشارية مع بعض العلماء المغايرين لكل امر مستحدث بدون نظر إلى ما يجره من النفع لدى جلالة السلطان وتحصلوا على لغو الفرق المنتظمة فاخذ القبودان كوجك حسين باشا نحو 600 منهم وشكلهم على هيئة اورطة منظمة على نفقته الخصوصية واجزل اليهم الهبات حتى آتى الشبان للانضمام