سنة 1799 ووجه فرقة اخرى احتلت مدينة القصير على البحر الاحمر في 24 ذي الحجة من هذه السنة 29 مايو من السنة المذكورة وبذلك صار القطر المصري من البحر الابيض المتوسط إلى اقاصي الصعيد في قبضته ثم اسس المجلس العلمي للبحث عما يجعل احتلاله بوادي النيل دائميا

لكن لم يلبث ان وصله خبر واقعة ابي قير البحرية التي دمر فيها نلسن امير البحر الانكليزي الشهير جميع المراكب والسفن الحربية الفرنساوية في 17 صفر سنة 1213 اول اغسطس سنة 1798 وتسلطن الانكليز على البحر المتوسط وقطع المواصلات بينه وبين فرنسا وذلك ان وقت خروج المراكب الفرنساوية من طولون كان نلسن المذكور يحاصر مدينة قادس باسبانيا فترك الحصار واخذ يبحث عن الدونانمة الفرنساوية فلم يعثر عليها الا بعد ان احتلت جزيرة مالطة ومدينة الاسكندرية كما سبق

ولما علمت الدولة العلية باحتلال الفرنساويين القطر المصري اخذت في الاستعداد لمحاربتهم لا سيما وانها كانت مطمئنة البال هادئة البلبال من جهة النمسا والروسيا اللتين كانتا مشتغلتين بمحاربة الجمهورية الفرنساوية خوفا من امتداد مبادئها الحرة إلى بلادهما فتفل عروشهما كما حصل للويس السادس عشر ملك فرنسا ومن جهة اخرى عرضت عليها الدولة الانكليزية مساعدتها على اخراج الفرنساويين من مصر لا رغبة في حفظ املاك الدولة بل خوفا على