لجأ إليه من الخائفين يجير من الخليفة و السلطان " (1)، ويذكر ابن الجوزي انه في سنة 531 هـ جلس أبو النجيب في دار رئيس الرؤساء بالقصر للتدريس، وجعلت الدار مدرسة، وحضر عنده جماعة من الفقهاء والقضاة (2)، وفي سنة 534 هـ جلس للوعظ في النظامية وحضر ارباب الدولة (3). وقد شهدت المدرسة النظامية ببغداد التوتر بين الخليفة و السلطان في سنة 545 هـ حول من يدرس في النظامية، ويبدو ذلك جلياً من الأخبار التي يسوقها ابن الجوزي حيث مضى السلطان مسعود إلى مدرسة أبي النجيب وصلى وراءه الصبح وطلب منه ان يتولى التدريس في النظامية، فاشترط ابو النجيب إذن الخليفة فاستخرج له (4)، ويبدو من ذلك مدى الجاه الذي كان يتمتع به ابو النجيب لدى السلطان السلجوقي، كما تشير الحادثة إلى حساسية الفقهاء تجاه العلاقة المتوترة بين السلطان السلجوقي و الخليفة العباسي.

ولي أبو النجيب السهروردي المدرسة النظامية ببغداد (5)، واستمرت فترة ولايته من سنة 545 هـ إلى سنة 547 هـ (6)، وفي نهاية هذه الفترة وقعت حوادث في المدرسة النظامية أدت إلى القبض على أبي النجيب وحمله إلى ديوان الخليفة وإهانته وحبسه، قال ابن الجوزي: "وقصد من كان له تعلق بالعسكر"، يعني السلاجقة، وأخذ أحد أصحاب أبي النجيب، وكان متصوفاً يعظ الناس، واتهم بالرفض، وأدب وألزم بيته، وطلب إلى مدرس آخر أن يتولى النظامية (7). ومما يؤكد أن الخلافة كان لها موقف من أبي النجيب بسبب علاقته بالسلطان السلجوقي، ما ذكره سبط ابن الجوزي من أنه على إثر وفاة السلطان مسعود سنة 547 هـ وبلوغ الخبر إلى بغداد أمر الخليفة بالقبض على "جماعة كانوا ينتمون إلى الأعاجم ويتمسخرون في حق الخلافة بما لا يليق على المنابر وغيرها مثل ابي النجيب السهروردي"، كما أمر بإخراج أصحاب أبي النجيب الفقهاء من النظامية، الذين كانوا "يسيئون الأدب ويستطيلون