واندلعت في عام 1931 ثورة إسلامية شملت أجزاء تركستان الشرقية كلها واستطاعت أن تحرر اغلب أراضي الإقليم، وأعلنت الدولة الإسلامية المستقلة في عام 1933 تحت اسم "الجمهورية الإسلاميةفي تركستان الشرقية" وقد اختير "خوجا نياز" رئيسًا للدولة، و"ثابت داملا" رئيسًا لمجلس الوزراء وأصبحت مدينة " كاشغر" عاصمة لدولة تركستان الشرقية، ولكن كما حدث سابقا قضى التحالف العسكري الروسي الصيني على هذه الثورة، وذلك عام 1937، وانتهت الحرب باستشهاد رئيس الدولة وبإعدام جميع أعضاءالحكومة مع عشرة آلاف مسلم. وحصل الروس مقابل مساعدتهم للصين على حق التنقيب عن الثروات المعدنية، واستخدام عدد من الروس في الخدمات الإدارية في تركستان الشرقية.

وقامت ثورة أخرى في عام 1944 قادها عالم مسلم يدعى علي خان، واستطاعت تحرير ولاية " تارباغاتي " وولاية " آلتاي"، وقد أقيمت فيهما دولة تركستان الشرقية، التي اتخذت مدينة "إيلي"(غولجا)عاصمة لها، وسعت هذه الدولة إلى تحرير باقي أراضي تركستان الشرقية من الاحتلال الصيني، لولا التحالف الصيني الروسي، فقد قام الروس وعملاؤهم باختطاف قائد هذه الثورة الإسلامية، وحطم جيش التحرير الشعبي بقيادة ماوتسي تونغ الدولة المستقلة عام 1949 بعد أن تولى الشيوعيون مقاليد الحكم في بكين، وهكذا تم إرغام الوطنيين على قبول صلح مع الصين مقابل الاعتراف بحقوقهم في إقامة حكومة من الوطنيين وإطلاق يد زعمائهم في شؤونهم الداخلية.

وفي عام 1966م، اندلعت ثورة في مدينة "كاشغر"، وجاءت في أعقاب منع المسلمين عن أداء صلاة عيد الأضحى، وتعرضهم لمذبحة بشعة على أيدي القوات الصينية، وقد انتهت هذه الثورة باستشهاد حوالي 75 ألف مسلم خلال شهر واحد من اندلاعها.

الواقع الراهن