وقد عرفت تركستان الشرقية الإسلام عن طريق التجار المسلمين الذين كانوا يحملون بضائعهم ومعها الإسلام إلى أي مكان يسافرون إليه، فقد كان طريق تجارتهم ودعوتهم طريقا واحدًا، فتوثقت العلاقات التجارية بين العرب والصين، وحصل بعض التجار المسلمين على ألقاب صينية رفيعة..وتشجيعًا للتجارة التي كانت مقصورة على المسلمين في عهد أسرة (سونج) في القرن العاشر الميلادي- سنّت هذه الدولة قانونًا يقضي بعقاب كل من يسيء إلى التجار الأجانب؛ لذا وجدت جاليات إسلامية كبيرة في عدد من المدن، بالإضافة إلى وجود بذور إسلامية في الصين عندما تعرض الإمبراطور الصيني (سو) لثورة وتمرد، فاستغاث بالخليفة العباسي أبي جعفر المنصور سنة (139هـ = 756م) فأرسل إليه أربعة آلاف جندي مسلم، وقد نجح الإمبراطور-بمساعدتهم - في القضاء على التمرد واستعادة عرشه؛ الأمر الذي أدى إلى استبقاء الإمبراطور لهؤلاء الجنود؛ فتزوجوا من صينيات، وأسهموا في غرس بذور الإسلام في البلد البعيد، وتشير بعض السجلات الصينية إلى أن الحكومة الصينية كانت تدفع بعض الأموال السنوية لأسر هؤلاء الجنود.

وتوطد الإسلام في تركستان الشرقية سنة (322هـ = 934م)، بعدما اعتنق الخان سوتوق بوغرا - الذي أصبح حاكمًا للإقليم - الإسلام، وأسلم لإسلامه معظم السكان، وبمرور الوقت أصبح تركستان الشرقية مركزًا رئيسيًا من مراكز الإسلام في آسيا..ويوضح الموقع الإسلامي الإلكتروني (تركستان الشرقية) أن معارك دامية قامت بين المسلمين التركستانيين وبين حكام (منجو) الصينيين في عام 1759م؛ راح ضحيتها أكثر من مليون مسلم وفرضوا سيطرتهم على تركستان الشرقية حتى عام 1862م.. وقد شهدت تلك الفترة تمرد شعب تركستان الشرقية ضد احتلال المنجو الصينية 42 مرة..وفي آخر تمرد عام 1863م نجح الشعب التركي المسلم في طرد حكام منجو من وطنهم وأقاموا دولة مستقلة إسلامية تحت زعامة يعقوب بك الذي استمر حكمه 16عاما.