وقد استولى الصينيون على تركستان الشرقية سنة (1174هـ - 1760م) بعد أن ضعف أمر المسلمين بها، وقتلت القوات الصينية وقتها مليون مسلم، وألغى الصينيون نظام البكوات الذي كان قائمًا بها، ووحدوا أقسام تركستان في ولاية واحدة، كما اتبعت الصين سياسة استيطانية في تركستان الشرقية؛ حيث عملت على نقل كتل بشرية صينية إلى هذه المنطقة، وهذا ما يسمى بسياسة "تصيين تركستان الشرقية"؛ فقام المسلمون بثورات عنيفة لم تهدأ طوال مائة عام أبرزها ثورة سنة (1272هـ - 1855م) التي استمرت عشرين عامًا، بقيادة "يعقوب بك"، وسجلت أحداثها في كتاب من (330) جزءًا.

وفي القرن العشرين حصلت تركستان الشرقية على الاستقلال الذاتي سنة (1366هـ - 1946م)، وتم تعيين "مسعود صبري" رئيسًا للحكومة، واستطاع المسلمون أن ينظموا أنفسهم أثناء الحرب العالمية الثانية، فأنشئوا مطبعة وعددًا من المدارس وحافظوا على هويتهم الإسلامية، وبعد انتهاء هذه الحرب اجتاحت القوات الصينية الشيوعية الدولة الإسلامية الوليدة سنة 1949م، بعد قتال عنيف، وبدأ الشيوعيون منذ احتلالهم بارتكاب مذابح رهيبة، أعقبها استقدام مهاجرين صينيين بأعداد ضخمة في عملية احتلال استيطاني واسعة؛ وأعلنوا رسميًا أنّ الإسلام خارج على القانون، ويُعاقَب كل من يعمل به، وألغوا المؤسسات الدينية وهدموا أبنيتها، واتخذوا المساجد أندية لجنودهم.