تعد المنطقة من المواطن الأولى للأتراك، وقامت بها العديد من الدول التركية المستقلة. منذ ما قبل الميلاد مثل: دولة الهون ( 220ق م – 216ق م ) ، كوك تورك (552 – 745م) ، الأويغور ( 740 – 1260م )، القراخانيين ( 880 – 1211م ) . كما خضعت لحكم دولة المغول الجغتائية، وكانت آخر الدول المستقلة بها هى الدولة السعيدية (1514 – 1679 ) .

بدأت مشكلة تركستان الشرقية مع احتلال الصين لها عام 1760، إذ بدأ منذ ذلك التاريخ صراعا بين الطرفين على كافة الأصعدة، وقد دفع الشعب التركستانى ثمناً باهظا كنتيجة للصراع العسكرى مع الصين، وأيضاً الصراع على الهوية والذي ازدادت حدته منذ العام 1949 حين سيطر الحزب الشيوعى الصيني على السلطة في عموم الصين .

- تعرض شعب تركستان الشرقية منذ الغزو الصيني له في العهد المنشورى للكثير من انتهاكات حقوق الإنسان منها :

- مقتل نحو 1.200.000 من التركستانيين في هجوم القوات الصينية على تركستان منذ عام 1758م ، كما نفيت 22.500 أسرة تركية إلى داخل الصين وقد أثبت ذلك تقرير قائد الحملة العسكرية على تركستان الشرقية المرسل إلى إمبراطور الصين جين لونغ .

- مقتل نحو 120.000 تركستانى منذ دخول الشيوعيين تركستان في 10/1949 وحتى نهاية عام 1951 وقد أعلن ذلك برهان شهيدى والى تركستان الشرقية من قبل الشيوعيين في 1/1/1952.