يقول الحافظ أبو الفداء إسماعيل بن كثير في تاريخه «البداية والنهاية» (ج7/ص330): «وما يعتقده كثير من جهلة الروافض من أن قبره بمشهد النجف فلا دليل على ذلك ولا أصل له، ويقال إنما ذاك قبر المغيرة بن شعبة، حكاه الخطيب البغدادي عن أبي نعيم الحافظ عن أبي بكر الطلحي، عن محمد بن عبد الله الحضرمي الحافظ، عن مطر أنه قال: لو علمت الشيعة قبر هذا الذي يعظمونه بالنجف لرجموه بالحجارة، هذا قبر المغيرة بن شعبة.

قال الواقدي: حدثني أبو بكر بن عبد الله بن أبي سبرة عن إسحاق بن عبد الله بن أبي فروة قال: سألت أبا جعفر محمد بن علي الباقر كم كان سن علي يوم قتل؟ قال: ثلاثاً وستين سنة.

قلت: أين دفن؟ قال: دفن بالكوفة ليلا وقد غبي عن دفنه، وفي رواية عن جعفر الصادق أنه كان عمره ثمان وخمسين سنة، وقد قيل إن علياً دُفِنَ قبلي المسجد الجامع من الكوفة. قاله الواقدي، والمشهور بدار الإمارة.

وقد حكى الخطيب البغدادي عن أبي نعيم الفضل بن دكين، أن الحسن والحسين حولاه فنقلاه إلى المدينة فدفناه بالبقيع عند قبر فاطمة، وقيل إنهم لما حملوه على البعير ضل منهم فأخذته طَيْء يظنُّونه مالاً فلما رأوا أن الذي في الصندوق ميتٌ ولم يعرفوه دفنوا الصندوق بما فيه فلا يعلم أحدٌ أين قبره، حكاه الخطيب أيضاً.

وروى الحافظ ابن عساكر عن الحسن قال: دفنت علياً في حُجْرَةٍ من دور آل جعدة.

وعن عبد الملك بن عمير قال: لما حفر خالد بن عبد الله أساس دار ابنه يزيد استخرجوا شيخاً مدفوناً أبيض الرأس واللحية كأنما دفن بالأمس، فَهَمَّ بإحراقه ثم صرفه الله عن ذلك، فاستدعى بقباطي فلفه فيها وطيبه وتركه مكانه.

قالوا وذلك المكان بحذاء باب الوراقين مما يلي قبلة المسجد في بيت اسكاف وما يكاد يقر في ذلك الموضع أحد إلا انتقل منه.

وعن جعفر بن محمد الصادق: قال: صُلِّيَ على عليٍّ ليلاً ودُفِنَ بالكوفة وعُمِّيَ موضع قبره ولكنه عند قصر الإمارة.» اهـ.