اصطدمت آرائه ودعواته لاصلاح الأزهر وإدخال مناهج تربوية جديدة فيه بالقوة الدينية التي كانت تحتكر هذه المؤسسة المهمة لان هذه الفئة كانت بعيدة عن الإبداع و(( مبتلية بداء التقليد والتبعية في كل فكر وعمل )) فكان من الطبيعي أن تقف موقفاً معارضاً لكل حركة قوامها التجديد وعدوا روادها زنادقة من (( أهل البدع والظلالة )) (1) . وشن عبده هجوماً عنيفاً على أولئك الذين عارضوا تطوير الأزهر ووصفه بأنهم (( اقرب للتأثير بالأوهام والانقياد إلى الوساوس من العامة ، واسرع إلى مشايعتها منهم ، وذلك بما ينشأون عليه من التعليم الرديء والتربية المختلفة التي لا ترجع إلى اصل صحيح ، فبقائهم فيما هم عليه اليوم مما يؤخر الرعية عن تقدير السلطة الصالحة قدرها )) (2) .

جاء تركيزه على الأزهر وضرورة إصلاح أساليبه التربوية والتعليمية لانه لم يكن في الشرق باستثناء بيروت حتى أواخر أيامه معاهد للتعليم العالي سوى الأزهر ودار العلوم في مصر ، فكان أيفاد الطلبة من المسلمين إلى مدارس الإرساليات الأجنبية يواجه صعوبات عدة ، لاسيما بعد ان ترددت بعض الأصوات الداعية لإلغاء المدارس الأجنبية وضرورة توسيع التعليم الثانوي توطئة لإنشاء جامعات تمنى البعض أن تكون على الطراز الغربي (3) .