وفي إطار دعوته التربوية فهو يرفض أن تكون التربية هي مجرد آن ينكب الإنسان على المعارف اللازمة للنجاح في الامتحان ، وانما ان ينكب عليها ليجني من ورائها تكوينا فكريا .

وعزى سبب ذلك إلى (( من لم يصنع أصلا لسيرهم في تعليمهم ولم يؤسس قاعدة ترجع أليها جميع الأعمال ، عارفا بالغاية التي توجه المدرسة أليها ، حكيما في تصرفه بأذهان التلامذة والأساتذة حتى يقيم للتربية بناء معنويا حقيقيا يأوى أليه كل معلم ومتعلم يأتي من بعده )) (1) وقد شن أقسى الحملات على الأساليب التقليدية في المؤسسات التربوية والتعليمية أي أن (( التقليد كما يكون في الحق يأتي في الباطل ، وكما يكون في النافع يحصل في الضار ، فهو مضلة يعذر فيها الحيوان ، ولا تجمل بحال الإنسان )) (2) فدعى إلى ضرورة اختيار معلمين صالحين للقيام بالعمل الموصل إلى الغاية المطلوبة للمدرسة ، وتغيير طريقة تدريس العلوم ، ولاسيما في مجال تفسير القرآن ، وتعلم الأحاديث النبوية ، وتعيين نظار المدارس ممن يتميز بالأساليب التربوية ، وعالما بالدين والفقه ، وموثوقا به عند العامة ، وان تكون المدارس تحت نظام شديد في التهذيب وملازمة العمل بما يعلمون فضلا عن ذلك ركز الشيخ عبده على ضرورة تهذيب التلاميذ وتربية نفوس وتقويم أخلاقهم وطباعهم ، وان يدرسوا على وفق أساليب جديدة ومناهج مختلفة عما يتلقونه من علوم ولوائح تنظم العمل وتسيره بشكل تربوي متميز (3) .