ثم شغل الشيخ عبده منصب نائب رئيس تنظم ( العروة الوثقى ) السري الذي شغل فيه الأفغاني منصب الرئيس ، وتنقل بين بلدان أوربية وشرقية عديدة تحت هذه الصفة ودخل مصر سراً عام 1884 أثناء اشتداد الثورة المهدية في السودان ضد الاحتلال الإنكليزي (1) ، وباشر قيادة تنظيم الجمعية السرية ، وكتب بعض الرسائل التي تضمنت توجيهاته إلى بعض فروع التنظيم هناك ، وزار العاصمة الإنكليزية لندن ، والتقى هناك بوزير الحربية البريطاني وعدد من أعضاء البرلمان ورؤساء تحرير بعض الصحف هناك ، ودعا خلال لقاءاته معهم إلى وجوب جلاء البريطانيين من مصر (2) .

فأدرك الشيخ عبده بعد توقف صحيفة ( العروة الوثقى ) ان العمل السياسي المباشر لا يمكن إن يحقق للشرق أهدافه ، حسب اعتقاده ، فغادر باريس إلى تونس ومنها إلى بيروت عام 1885 ، على أمل العودة إلى مصر ثانياً (3) .