ولد بقصر عمران بن النعمان المعافري بالفسطاط. وكانت ولايته من قبل عبد الله ابن طاهر لما أمره المأمون على مصر.
قال أبو يعقوب البويطي: لما ولي أبو طاره إمرة مصر أمر بإحضار أهل مصر، فحضر الناس، وحضر عبد الله بن الحكم. فقال ابن طاهر: إن جمعي لكم لترتادوا لأنفسكم قاضيا فكان أول من تكلم يحيى بن عبد الله بن بكير. فقال: أيها الأمير ول قضاءنا من رأيت، وجنبنا رجلين. لا تول قضاءنا غريبا لا زراعا. يعني بالغريب إبراهيم بن الجراح، وبالزراح عيسى بن فليح. فنهض إبراهيم بن الجراح فقال: اصلح الله الأمير، رجل من أبناء الدولة قديم الحرمة. فلم يستمع ابن طاهر له. ثم تكلم أبو ضمرة الزهري فقال: أيها الأمير، الفقيه العالم أصبغ بن الفرج، واصبغ حاضر، فعارضه سعيد بن كثير بن عفير. فقال: ما بال أبناء الصباغين والمقامص يذكرون في المواضع التي لم يجعلهم الله لها أهلا! قال: فقام أصبغ فأخذ بمجامع ثوب سعيد بن غفير وقال: أنت شيطان. ومن أين علمت أني من أبناء الصباغين! وارتفع الأمر بينهما حتى كادت تكون فتنة. فذكر عبد الله بن عبد الحكم، عيسى بن المنكدر، فأثنى عليه بخير. فقلده عبد الله بن طاهر وذلك لعشر خلون من رجب سنة اثنتي عشرة.
قاله الكندي.
وقال ابن يونس سنة إحدى عشرة. قال البويطي وقال سعيد بن عفير في أصبغ: ليس هذا الرجل كما وصفت. هذا رجل بذي طويل اللسان وسجع في كلامه فقام أصبغ فقال: إن الأمير أمر أن يحضر مجلسه الفقهاء وأهل العلم لا الشعراء ولا الكهنة فقال البويطي أنا أذكر للأمير ستة يجعل هذا الأمر فيمن رأى منهم. قال: من هم؟ قال قلت: عبد الله بن الحكم وسعيد بن هاشم وعيسى بن المنكدر وابنا معبد وجعفر بن هارون. فأثنى ابن عبد الحكم علي عيسى فولاه فقال ابن عبد الحكم: إنه مقل فأجرى عليه سبعة دنانير في كل يوم فاستمرت للقضاة، وأجرى عليه أربعة آلاف درهم في كل شهر ووصله بألف دينار.
واستكتب عيسى إبراهيم بن أبي أيوب قليلا. ثم كتب له أبو الأسود النضر بن عبد الجبار وداود ابن أبي طيبة فتنازعا. فقال النضر: لا أكتب لك حتى تنحي داود،