ثم دخلت سنة ثمان وثلاثين
فمن الحوادث فيها مقتل محمد بن أبي بكر رضي الله عنهما
قد تقدم ذكرنا السبب في عزل قيس بن سعد عن مصر وتولية محمد بن أبي بكر.
قال الزهري : لما حدث قيس بن سعد [بمجيء] محمد بن أبي بكر، وأنه قادم عليه أميرا، تلقاه وخلا به، وقال له: إنك جئت من عند امرئ لا رأي له، وليس عزلكم إياي بمانعي أن أنصح لكم، وإني أدلك على الأمر الذي كنت أكايد به معاوية وعمرا فكايدهم به، فإنك إن تكايدهم بغيره تهلك، وحدثه بما كان يصنع، واغتشه محمد، وخالف ما أمره به، فلما استقر محمد نهض بأهل مصر إلى قتال أهل خربتا، وهزم محمد، ولما قدم قيس بن سعد المدينة خافه مروان والأسود بن البخترى حتى إذا خاف أن يؤخذ ويقتل ركب راحلته فلحق بعلي رضي الله عنه.
فكتب معاوية إلى مروان والأسود يتغيظ عليهما ويقول: أمددتما عليا بقيس بن سعد ومكايده، فو الله لو أمددتموه بمائة ألف مقاتل ما كان ذلك بأغيظ لي من إخراجكما قيسا إلى علي. فلما جاء قتل محمد عرف علي أن قيسا كان يداري أمورا كثيرة، وأن من أشار إليه بعزل قيس لم ينصحه، فبعث الأشتر.