وتسمَّي هذه الفرقة بـ " الباطنية " ؛ لأنهم يعتمدون السرية والكتمان منهجًا لهم ويستخفون بأعمالهم من الناس ، ويصح عندهم أن يكون الإمام مستورًا ، فهم لا يكشفون عن أئمتهم ولا آرائهم ومعتقداتهم ، كما أنهم يقولون بأن للقرآن ظاهرًا وباطنًا ، وأن الأئمة اختصهم الله بعلم الباطن ويقومون بتأويل الكثير من ألفاظ القرآن الكريم تأويلات غريبة لا تتفق مع العقل والمنطق ولا مع دلالات اللغة العربية ولا سياق الآية وسبب نزولها .
وقد انقسمت طائفة الإسماعيلية إلي فرق وطوائف عديدة بعضها لم يخرج عن دائرة الإسلام وبعضها الأخرى خرج علي حدود الإسلام ، وانتحلوا نحلاً غريبة لا تتفق مع الأحكام والأصول الإسلامية الأساسية . ومن أهم فرقهم " الأغاخانية " نسبة إلي إمامهم أغاخان ، وطائفة " البهرة " ويتمركزون في بومباي بالهند ، ويميزهم أنهم يعترفون بالأركان الإسلامية الخمسة المعلومة ويزيدون ركنًا سادسًا هو الطهارات بتحريم الدخان والموسيقي والأفلام ، ويحتفلون سنويًا بيوم غدير خُمَّ ، والذي يدعون أن النبي صلي الله عليه وسلم أعلن فيه الوصية بإمامة عليَّ .
ومن هذه الفرق " الفاطميون " الذين حكموا المغرب ومصر والشام ، و " القرامطة " الذين سيطروا علي عدد من الأقاليم الإسلامية ، و " إخوان الصفا " الذين كتبوا رسائل الصفا ولم يذكروا أسماء من كتبوها وطائفة " الحشاشين " الذين ظهروا زمن الحروب الصليبية وحرب التتار ، وكانوا وبالاً علي المسلمين .
وبعد من فرق الإسماعيلية التي خرجت خروجًا صريحًا وقاطعًا عن الإسلام ويعتبرون من الغلاة المتطرفين :