ومن الجدير بالإشارة أنّ هذه الخلافات وما أسفرت عنها من مشاغبات ومشاحنات، إنما أثارها المتأخّرون من النقشبنديّين منذ حقبة لا تتجاوز عن مائة وخمسين سنة، دون قُدَمَائِهِمْ؛ مما يدلّ على حقائق أخرى لم ينتبه إليها كثير من الناس. أهمّها، أنّ قدماء النقشبنديّين كانوا أبعد الناس من ساحة العلم. فلم يلتقوا مع أهله حتّى يقع بينهم وبين العلماء خلاف على مسألة مَّا، إلاّ قليلاً. إذ كانوا دراويش لا يَعتدُّ بهم أربابُ العلم. وهذه الشهرة الّتي نراها اليوم تحفُّ بأسمائهم إنّما هيّجها المتأخرون منهم. وما أن اهتمّ مشائخهم بدراسة بعض العلوم بدايةً من خالد البغداديّ، تطوّرت المناقشات والخصومات بين العلماء والنقشبنديّين حتّى أسفرت عن هذه النتائج الّتي نحن بصددها اليوم.

تنحصر المسائل الخلافية الّتي أثارها النقشبنديّون في أربعة أمور رئيسة:

الأوّل منها، مفهوم الولاية، والوليِّ، والاستعانة بالموتى، والتبرك بقبورهم، والنذر لهم، وما تتعلّق بهذه المسألة من تفاصيلَ شتّى، شرحناها في بابها ما تيسر من أهم نقاطها.521

والثاني، أقوالٌ مبتدَعَةٌ تتعلّق بآباء الأنبياء وأمّهاتهم، وشدّ الرحال لزيارة النبيِّ (.

والثالث، آراء متفرقة حول مفهومَيِ البدعةِ والاجتهادِ.

والرابع، تأويلات كلامية حول مسألة "الاستواء على العرش".