إلاّ أنّ هذه الأحداث لمّا أخذت تشتدُّ وتتنوّع بدافع سلسلة من تطوّرات العصر، بدأت تنعكس نتائجُها على الجيل الصاعد بما فيهم أبناء الطائفة النقشبنديّة في عهد أخلاف محمّد بن محمّد بن عبد الله الخانيّ. لذا نلمس توقّفًا ملحوظًا في نشاط هذه الطريقة على الساحة الشامية في عهد ابنه محمّد بن محمّد الخانيّ، وحفيده عبد المجيد بن محمّد الخانيّ. وإذا تأمّلنا قليلاً فيما كان يحدث يومئذ في العالم بصورة عامّةٍ، وفي المناطق العربية (سيما في منطقة الهلال الخصيب) من ثورات وحركات فكرية وعقدية و إيديولوجية، لابد أن نقدّرَ ما كان لهذه الحركات من الأثر الكبير على عقلية الناشئة في تلك المرحلة.

ثم في الحقيقة أنّ خليفة محمّد بن عبد الله الخانيّ (وهو ابنه محمّد) لم يتميّز بشخصية بارزة، خاصّة وكانت قد طغت شهرة الأمير عبد القادر الجزائري على سمعة الخانيّين بصورة طبيعية ومن غير نزاع. وهذا أيضًا له أثر بالغ على هبوط مكانة النقشبنديّين. وما أن تصاعدت التّيارات الفكرية والسياسية (الشائغة باسم اليقظة والوعي القوميِّ والنهضة الحديثة والدعوة السلفية وغيرها)، ازدادت سرعة انحطاط الطريقة الخالدية. فلم يستطع أديب النقشبنديّين عبد المجيد بن محمّد بن محمّد الخانيّ أن يقاوم هذه الّتيارات. على الرغم من لباقته وتحذلقه وأسلوبه الدعائيِّ المسجّع والمزخرف. ولا نَفَعَتْ جهود الباقين من رؤوس النقشبنديّة من أمثال محمّد أسعد بن محمود الصاحب و أعوانه.

وربما دبّ في قلوبهم القلق على مستقبلهم بعد هذه التطوّرات، بأن يهجرهم الناس في أمد غير بعيد، (إنْ استمرّت تلك الحركات الّتي لم تكن تعرف الهوادة في المنطقة)، حتّى غيّروا شيئًا كثيرًا من سياستهم في التعامل مع روّاد الوعي الإسلاميِّ. ويشهد على ذلك الموقف المتصالح الّذي اتخذه عبد المجيد بن محمّد الخانيّ من السلفيّين، وعلاقاته مع الشيخ محمّد عبده في منفاه بمدينة بيروت عام 1883م.