ألّف محمّد بن عبد الله الخانيّ كتابًا بعنوان "البهجة السنيّة في آداب الطريقة النقشبنديّة". وهو أوّل كتاب شامل مرتّب ترتيبًا حسنًا في آداب هذه الطريقة باللّغة العربية وبأسلوبٍ واضحٍ سَلِسٍ. إذ أنّ جميع شيوخ هذه الطريقة قبل شيخه، هم عناصرُ عجميةٌ؛ قُدَمَاؤُهُمْ من الأتراك والأكراد، وبقيَّتهم من سكّان الديار الهندية. لم يُتقنوا اللّغةَ العربيةَ، ولم يتذوّقُوا ثمارَ آدابها. ويغلب أنّهم لهذا السبب لم يتمكّنوا من فهم حقائق القرآن والسنّة فهمًا صحيحًا؛ ولا كان لهم إلمام بالعلوم. ولكن محمدًا بن عبد الله الخانيّ كان عربيَّ النشأة والقريحة؛ فأصبح التدوينُ في آداب هذه الطريقة، وتَرْجَمَةُ رِجَالِهَا من الهواية بين أبناء هذه الأسرة بعد تأليف كتاب "البهجة السنيّة". فتابعه وقلّده في هذه العادة، حفيده عبد المجيد بن محمّد الخانيّ بتأليفه كتابه المعروف: "الحدائق الوردية في حقائق أجلاء النقشبنديّة" ورسالته "السعادة الأبدية فيما جاء به النقشبنديّة".

أخطأ عدد من الباحثين، فنسبوا كتاب "السعادة الأبدية فيما جاء به النقشبنديّة". نسبوه إلى جدّه محمّد بن عبد الله الخانيّ. وهذا غير صحيح. بل حفيده عبد المجيد بن محمّد بن محمّد الخانيّ هو الّذي ألّف الكتابَ المذكورَ. ودلائلُ ذلك كثيرةٌ في سطوره. منها، قوله في الديباجة: