تأصّل بُغض الرافضة في قلوب النقشبنديّين بعد هذه الواقعة وأصبح ميّزة تتّصف بها السنيّة التقليدية وانتشر بانتشار الطريقة النقشبنديّة. وهو السبب الرئيس للخلاف والصراع والحروب المستمرة بين الأتراك والفرس عبر العصور. ولكنّ كثيرًا من الناس يجهلون أنّ هذه العداوة الّتي بثها السرهنديّ بين أتباع هذه النحلة، لم تنبت في قلبه لما كان يرى في عقيدة الشيعة من الخروج على الإسلام؛ بل نشأت بسببِ منافسِتِه لبعضِ رجالِ الْبلاطِ الملكيِّ الّذين كانوا من الشيعة. لقد كان بين السرهنديّ وبينهم صراع شديد على المصالح. فغلب تأثير الفريق الشيعي منهم على الملك جهانكير حتّى أوعزوا إليه بتنكيله؛ فأمر باعتقاله في قلعة "كُوَالْيَارْ"، دام فيها ثلاث سنين.

لابد وأن نشير أخيراً إلى أنّ أحمد الفاروقيّ السرهنديّ هو رجلٌ وجوديٌّ بشهادته على نفسه وإطرائه على كبير الوجوديّين محي الدين بن عربي؛ إذ يقول:

"قد كُشِفَ لي التوحيد الوجوديُّ وأُلْقِىَ إلىَّ علوم كثيرة ومعارف جمّة ورقائق وافية من هذا المقام؛ ولاحت لي معارفُ مُظهِرِ الصفة العلمية الشيخ الأكبر... وتشرّفتُ بالتجلّي الذاتيِّ الّذي بيّنه الشيخ وجعله نهاية العروج وخصّه بخاتم الولاية مفصّلاً وموضّحًا".438

هكذا يبدو جليًّا أنّه قائلٌ بوحدة الوجود، وواقف موقفَ الإجلال من محي الدين بن عربي، بخلاف ما ادّعىَ البعضُ من هذه الطائفة: "أنّه برئٌ من تلك العقيدة، وأنّه إنّما قال بوحدة الشهود ليبرهن به عن بطلان وحدة الوجود". ومهما كان، فانّ فكرة "وحدة الشهود" أيضا عقيدة غامضة.