إن كثيًرا من الناس يعتقدون أن الطريقة النقشبنديّة طريقة سُنِّيَّةٌ؛ ولكن "السنِّيَّةَ" المعروفة والمنتشرَة الّتي جعل بعضُ الكلاميّين منها مصطلحًا أطلقوه على السواد الإسلاميّ الأعظم ليميّزوه عن بقيّة الفرق الّتي تدّعي الإسلام؛ نعم هذه السنِّية التقليديّة نفسّها لا تمثّل السنّة في الحقيقة، ولا توافق الإسلام الخالص؛ بل تختلف عنه بكثير من جوانبها؛ وتتضارب مع روح الكتاب والسنّة، فضلاّ عن أنّ بين الطريقة النقشبنديّة والإسلام مقارعة شديدة تتراءى بوضوح إذا ما تمّت أدنى مقارنة بينهما.

هذا بالرغم من أن بعض الروحانيين قد أصرّوا على أنّ الطريقة النقشبنديّة هي الإسلام نفسه، وفي هذا يقول محمّد بن عبد لله الخانيّ:

"اعلم أيّها الطالب لمعرفة الله تعال - وفّقنا الله وإياك - أنّ معتقَدَ ساداتِنَا النقشبنديّة قدّس الله أسرارهم الزكية، هو معتقَدُ أهل السنّة والجماعة. ومبنى طريقتهم على حفظ أحكام الشريعة المطهّرة" 165 بينما هذه الكلمات عينُها تكذّب الناطقَ بها، وتفضحه فيما يدّعيه باشدّ ما يقوم الدليل على صاحبه. ذلك أنّه قد أتى بصيغة غريبة من الدعاء في عباراته. وهي "قدّس الله أسرارهم" إذ لا نعثر على أدنى شئٍ يبرهن على أنّ رسولَ الله (، أو أحدًا من أصحابه قد نطق بمثل هذه الصيغة في دعائه. بل هذا من أسلوب الغلاة والباطنية. فإنّهم يعظّمون مشائخهم. وربما تكون هذه العادة قد شاعت بين خاصّتهم مع الزمان بتأثير النصارى. لأنّ المسيحيّين يقدّسون رهبانهم ويصفونهم بالقداسة.