- محمد جعفر بن عباس الموسوي، الكلبايكاني (1337هـ/ 1917م) (1: 539) 1714
- محمد جعفر بن عبد الكريم، البوبكاني (من علماء القرن 10هـ/ 16م) (1: 398) 1367، (2: 189) 362، (2: 841) 1638، (3: 759) 1029، (3: 907) 1486، (8: 396) 339، (9: 52) 147
- محمد جعفر بن محمد إبراهيم، الكلباسي (1292هـ/ 1875م) (2: 747) 1452، (10: 622) 1255
- محمد جعفر بن محمد باقر، الخراساني، السبزواري (من علماء القرن 10هـ/ 6م) (2: 737) 1417، (4: 512) 465، (11: 495) 64
- محمد جعفر بن محمد تقي، البرغاني (1306هـ/ 1888م) (3: 191) 475
- محمد جعفر بن محمد حسين، الطهراني (2: 584) 784، (6: 430) 115
- محمد جعفر بن محمد صفي (الآباده أى) (1246هـ/ 1830م) (11: 524) 191
- محمد جعفر بن محمد علي، البهبهاني (1254هـ/ 1838م) (1: 769) 2277، (2: 529) 593، (2: 744) 1447، (3: 664) 784، (10: 424) 780
- محمد جعفر بن محمد علي، ابن الوحيد البهبهاني (1259هـ/ 1843م) (9: 666) 1729
- محمد جعفر بن يوسف، الأسترابادي (1263هـ/ 1846م) (6: 95) 370، (9: 72) 191، (9: 367) 805
- محمد بن جمال الدين، أبو عبد الله، التنكزي (7: 591) 1341
- محمد بن جمال الدين بن محمود، الخراساني، البْهبَهاني (1248هـ/ 1832م) (3: 686) 825
- محمد بن أبي جمعة، الهبطي، أبو عبد الله، الصماتي (930هـ/1524م) (6: 286) 330
- محمد الجمعة بن مما بن محمد، ابن عال (كان حياً 1364هـ/ 1944م) (10: 537) 1013، (10: 552) 1112
- محمد الجمعة بن مما بن محمد بن عال، الأنكندري (7: 404) 895، (7: 411) 952
- محمد الجندي، الدنوشري (3: 171) 349
- محمد جواد بن أحمد، النراقي (1: 593) 1897، (7: 422) 1011
- محمد جواد بن حسن، العاملي (كان حياً 1236هـ/ 1821م) (2: 111) 145
- محمد جواد بن محمد ترك، الآذربيجاني (2: 917) 1732