ومن أعلام الفكر في الأزهر في العصر الفاطمي: المسبحي الكاتب والمؤرخ المشهور (366 - 420 ه)، وقد أخذ بقسط كبير من ثقافات عصره وعلومه.
ومن كتبه: أخبار مصر، وكتب أخرى مفقودة. وقد نشأ وتعلم في الأزهر وأفاد من علمائه.
ومنهم كذلك أبو عبد اللّه القضاعي (390 - 454 ه) الذي كان من أقطاب العلماء، وتولى منصب القضاء وغيره من مهام الدولة في عهد المستنصر وأوفده الخليفة سفيرا إلى قيصرة القسطنطينية عام 447 ه/ 1055 م للمفاوضة في عقد صلح بينهما. وله كتاب مفقود في تاريخ مصر بعنوان «المختار في ذكر الخطط والآثار». ومنهم الحافظ السلفي (470 - 576 ه).
وفي العصر الأيوبي عطلت صلاة الجمعة في الأزهر نحو مائة عام، ولكن حلقات الدراسة بقيت مستمرة فيه، وألغى درس الفقه الاسماعيلي، ودرس فقه أهل السنة والمذاهب الفقهية الأخرى. وقام في حلقاته في هذا العصر وما بعده الآلاف من كبار الفقهاء والمفتين، ونذكر منهم:
-شيخ الإسلام الحافظ المنذري (581 - 660 ه).
شيخ الإسلام عز الدين عبد السلام (577 - 660 ه).
-قطب الدين القسطلاني (614 - 666 ه).
شيخ الإسلام ابن دقيق العيد (625 - 702 ه).
-الإمام الزيلعى 743 ه.
-الإمام تقي الدين بن السبكي (683 - 756 ه).
-الإمام البلقيني (724 - 805 ه) مجدد المائة الثامنة.