وقد تعرضت الهاجاناه لعدة انشقاقات كان أبرزها عام 1931 عندما انشق جناح من غير اعضاء الهستدروت بقيادة ابراهام تيهومي وكون تنظيماً مستقلاً سمي (هاجاناه ب.)، وهو الذي اندمج مع منظمة بيتار في العام نفسه لتشكيل منظمة إتسل. ولم تتوقف عمليات الصراع والمصالحة بين الهاجاناه والجماعات المنشقة عنها، واستمر الخلاف بشكل مستتر حتى بعد قيام الدولة.

وقد شهدت سنوات الانتفاضة العربية في فلسطين (1936 ـ 1939) تعاوناً كبيراً بين الهاجاناه وقوات الاحتلال البريطاني، وبرز التعاون بخاصة مع تعيين تشارلز وينجيت ضابطاً للمخابرات البريطانية في فلسطين عام 1936، حيث اشرف على تكوين الفرق الليلة الخاصة والسرايا المتحركة التابعة وتنسيق الانشطة بين المخابرات البريطانية وقسم المخابرات بالهاجاناه والمعروف باسم (الشاي). وفي الوقت نفسه، تعاونت القوات البريطانية والهاجاناه في تشكيل شرطة حراسة المستوطنات اليهودية والنوطريم، وكان معظم أفرادها من اعضاء الهاجاناه. وقد مرت العلاقة بين الطرفين بفترة توتر قصيرة في أعقاب صدور الكتاب الابيض عام 1939 حيث واجهته الهاجاناه بتشجيع الهجرة غير الشرعية لليهود، الا ان نشوب الحرب العالمية الثانية ادى الى استعادة علاقات التحالف القديمة، إذ اعتبرها الصهاينة بمنزلة فرصة لاستغلال التناقضات بين الاطراف المتصارعة وتحقيق مشروعهم المتمثل في اقامة الدولة الصهيونية. وهكذا وقفت الهاجاناه الى جانب بريطانيا والحلفاء وانضم كثير من اعضائها الى اللواء اليهودي للقتال في صفوف القوات البريطانية، وتصدت بشدة للهجمات الصهيونية الاخرى التي طالبت آنذاك بالانضمام الى النازي وفي مقدمتها منظمة ليحي، بل أمدت السلطات البريطانية بما تحتاجه من معلومات لتعقب عناصر تلك المنظمة واعتقالها. وفي المقابل، ساعدت بريطانيا في انشاء وتدريب القوة الضاربة للهاجاناه المسماة (البالماخ)، كما نظمت فرقة مظليين من بين أعضاء