ثناء أهل العلم عليه:

قال أحمد بن حنبل: ثقة، وهو أصح حديثًا من أبيه.

وقال العجلي: كوفي ثقة وكان يسكن الثغر وكان ثبتًا في الحديث.

وقال يحيى بن معين: ثقة.

وسئل عنه علي بن المديني فقال: بخٍ بخٍ ثقة مأمون.

وقال أبو زرعة: كان حافظًا.

قال سليمان بن داود: إنه زار ابن عيينة فقال: مرحبًا بالفقيه ابن الفقيه ابن الفقيه.

وقال إسحاق بن راهويه: قلت لوكيع إني أريد أن أذهب إلى عيسى بن يونس، قال: تأتي رجلًا قد قهر العلم.

وقال الوليد بن مسلم: ما أبالي مَنْ خالفني في الأوزاعي ما خلا عيسى بن يونس فإني رأيت أخذه أخذًا محكمًا.

وقال عبد الله بن المبارك لرجل: أكتب نفس هذا الشيخ، يعني عيسى بن يونس.

وقال ابن عمار: عيسى بن يونس وإسرائيل بن يونس ويوسف بن يونس هؤلاء أخوة وأثبتهم عيسى.

وقال في موضع آخر: عيسى هو حجة وهو أثبت من إسرائيل.

قال ابن أبي خيثمة: سمعت أحمد بن جناب يقول عن عيسى بن يونس: غزا خمسًا وأربعين غزوة، وحجّ خمسًا وأربعين حجّة.