القضاء على الإمارات المسلمة، وظلت هناك إمارات باقية لم تتمكن أسبانيا من هزيمتها، وتحديدًا في جزيرة مينداناو، وجزر سولو ثم احتلت الولايات المتحدة جزر الفلبين سنة 1317 هـ/1899 م، فقامت المقاومة ضدها واستمرت حتى سنة 1339 هـ/1920 م استسلم المسلمون بعد ذلك، فقد أصابهم الوهن، وانتشرت بينهم الأمراض وعم الفقر والجهل والتخلف، بينما الدعم الصليبي يقدم بكل أشكاله للنصارى، فتراجع الإسلام في البلاد. وأعلنت الولايات المتحدة استقلال الفلبين سنة 1366 هـ/1946 م.

وينحصر الإسلام حاليًا في 13 ولاية في جنوب الفلبين، ما زالت تطالب بالحكم الذاتي بكل قوة.