ويبدو أن الكم الهائل من المادة العلمية التي جمعها ، بالإضافة إلى تناثر جزئياتها ، وكثرة تفصيلاتها الدقيقة ، مع تعدد موارده ومصادره ، واتساع إطارها الزماني جعلته أحياناً يفقد حاسته التاريخية مما أوقعه في بعض الأخطاء العلمية أو التناقض فيما يذكره من معلومات أو أخبار ، فمن الأخطاء التاريخية قوله : (( وأخبرنا محمد بن أحمد بن يحيى قال : محمد بن محمد بن معروف النيسابوري قال : نا عبد الرحمن بن الفضل الفارسي قال : نا محمد بن إسماعيل البخاري قال : نا يحيى بن بكير عن الليث قال : وفي سنة اثنتين وعشرين ومائة قتل عبد الرحمن بن عبد الله الغافقي أمير الأندلس ))([473]) ، وهو بهذا القول الذي رواه بإسناده عن البخاري يناقض نفسه حيث ذكر حين ترجمته لعبد الرحمن الغافقي إنه توفي سنة خمس عشرة ومائة([474]) ، كما يخالف إجماع المؤرخين المسلمين الذين ذكروا أن وفاته كانت في أعقاب هزيمة المسلمين في معركة بلاط الشهداء سنة 114هـ([475]) .

كما ذكر أن وفاة عبد الملك ابن قطن سنة خمس وعشرين ومائة([476]) ، وهذا التحديد غير متفق مع ما ذكره المؤرخون من أن وفاة هذا الوالي كانت في ذي القعدة سنة ثلاث وعشرين ومائة كما ذكره ابن عذاري([477]) ، وابن الأثير([478]) ، والمقري([479]) .

ولم تكن هذه التجاوزات والأخطاء قاصرة على تحديد سني الوفيات ، بل تجاوزتها إلى بعض الأحداث التاريخية المشهورة ومنها قوله عن نهاية عبد العزيز بن موسى ابن نصير :

(