ولد المحقق أبو جعفر الخواجة نصير الدين محمد بن محمد بن الحسن الطوسي في الحادي عشر من جمادي الأولى سنة سبع وتسعين وخمسمائة (597ه)1، وكانت ولادته ونشأته الأولى في طوس، فاشتهر بالطوسي. و أصله من «جهرود»، من موضع يقال له: «وشارة» من ولاية قم ، و كان أبوه وجيهالدين محمد من فقهاء الإمامية ومن محدثيهم، و تلميذا لفضل الله الراوندي. نشأ الخواجة نصيرالدين في بيت علم و فضل، وتلقى فيه أول دروسه، فتعلم الحديث و الأخبار والفقه من أبيه، إضافة إلى القرآن وعلوم اللغة. وعلى خاله نورالدين درس الحكمة و المنطق، وتعلم الرياضيات والهيئة على يد كمالالدين محمد المحاسب، كما حضر أيضا دروس خال أبيه نصيرالدين عبدالله بن حمزة.

ثم ارتحل إلى نيسابور التي كانت وقتئذ مركزا علميا بارزا، فالتقى بسراجالدين القمري، وأقام في المدرسة السراجية، و هناك تتلمذ في الطب على قطبالدين المصري شارح كتاب «القانون لابن سينا، و على فريدالدين الداماد في الفلسفة، و في نيسابور التقى أيضا بفريدالدين العطار (المتوفى سنة 127ق). ثم قصد الري، فالعراق، فدرس في الري على برهانالدين الحمداني، و تلقى الرياضيات العالية