باختطاف الطوسي وحمله إلى قلعة ألموت. فكان يعيش عندهم شبه أسير أو سجين. واستدلوا على ذلك بما كتب في آخر كتابه شرح الإشارات- وهو الذي ألفه خلال إقامته في قلاع الإسماعيليين - قال: «رقمت أكثرها في حال صعب لايمكن أصعب منها حال، و رسمت أغلبها في مدة كدورة بال لا يوجد أكدر منه بال، بل في أزمنة يكون كل جزء منها ظرفا لغصة وعذاب أليم و ندامة و حسرة عظيم، و أمكنة توقد كل آن فيها زبانية نار جحيم، و يصب من فوقها حميم. ما مضى وقت ليس عيني فيه مقطرا، ولا بالي مكدرا، ولم يجئ حين لم يزد ألمي ولم يضاعف همي و غمي، نعم ما قال الشاعر بالفارسية:

به گرداگرد خود چندان كه بينم بلا انگشتري و من نگينم

وما لي في امتداد حياتي زمان ليس مملوءا بالحوادث المستلزمة للندامة الدائمة والحسرة الأبدية. و كان استمرار عيشي أمير جيوشه غموم، وعساكره هموم. اللهم نجني من تزاحم أفواج البلاء و تراكم أمواج العناء بحق رسولك المجتبى ووصيه المرتضى صلى الله عليهما وآلهما، و فرج عني ما أنا فيه بلا إله إلا أنت و أنت أرحم الراحمين».

و كيف كان، فقد مكث الخواجة عند ناصرالدين محتشم قهستان مدة، ولما بلغ علاءالدين محمد زعيم الإسماعيليين نزول الطوسي على واليه وعرف مقدار ما يستفيد من معارفه طلبه منه، فأرسله إلى زعيمه علاء الدين في قلعة «ميمون دز» ب: ألموت. ثم انتهت حياة علاءالدين قتلا بيد أحد حجابه، فتولى أمر الإسماعيليين بعده ابنه الأكبر ركن الدين خورشاه. وظل الخواجة مع ركن الدين في قلعة ألموت حتى استسلام ركنالدين للمغول بقيادة هولاكو. و كانت مدة إقامته مع الإسماعيليين ما يقرب من اثنتين وعشرين (22) سنة، و ذلك من سنة اثنتين وثلاثين وستمائة (632) إلى أربع وخمسين وستمائة (654)، و كتب في تلك الأيام كتبا ورسائل كثيرة. وذكر المحقق دانش يزوه أن المحقق الطوسي كتب وهو في قلاع الاسماعيليين أربعة عشر كتابا و