تتولى مؤسسة الزكاة أياّ كان اسمها (هيئة ـ بيت ـ مركز، صندوق ـ .. ) مهمة جمع الزكاة من المكلفين بأدائها وتوزيعها على مصارفها المختلفة التى حددها الله عز وجل فى كتابه الكريم، ويتطلب ذلك القيام بالأعمال الآتية:

أولاً: إعداد سجلات للمكلفين بأداء الزكاة من الأفراد والشركات حتى يتسنى للعاملين على الزكاة الاتصال بهم لحساب وتحصيل الزكاة منهم، وكذلك إعداد سجلات لمستحقى الزكاة حتى يمكن توزيع حصيلة الزكاة عليهم.

ثانياً: معاونة الأفراد والشركات فى حساب الزكاة فى ضوء قواعد وأسس فقه ومحاسبة الزكاة والنماذج المصممة لذلك.

ثالثاً: تحصيل الزكاة من المكلفين بأداء الزكاة حسب أنواع الأموال والأنشطة الخاضعة للزكاة فى ضوء اللوائح التنفيذية لذلك.

رابعاً: توزيع الزكاة على مصارفها الشرعية فى ضوء معايير الأولويات الإسلامية الضروريات فالحاجيات، وتستعين مؤسسة الزكاة فى هذا الصدد بملفات مستحقى الزكاة.

خامساً: القيام بعمل التوعية اللازمة لحث المسلمين على أداء الزكاة فى مواعيدها ومن وسائل التوعية: الكتيبات والنشرات والمحاضرات والندوات والمؤتمرات والإعلام فى الوسائل المسموعة والمرئية.

سادساً: الإجابة على استفسارات المسلمين بخصوص الزكاة وذلك من خلال هيئة فتوى مؤسسة الزكاة والمَشْكلْة لهذا الغرض.

سابعاً: إصدار الفتاوى الشرعية فى المسائل المعاصرة الجديدة فى مجال الزكاة وذلك من خلال كبار العلماء أو الهيئة العليا لفتاوى الزكاة.

ثامناً: إعداد الخطط والبرامج والميزانيات والتقارير المتعلقة بالزكاة على فترات دورية لتقدم إلى مجلس إدارة مؤسسة الزكاة لاتخاذ القرارات اللازمة.

ويجب التأكيد على مسألة مهمة وهى أنه يجب أن يكون لمؤسسة الزكاة جهازها الشرعى والإدارى والفنى المستقل عن نظم الضرائب المعاصرة، كما يجب أن يكون لها موازنة مستقلة تماما عن الموازنة العامة للدولة، وذلك لا تعتبر مصلحة الضرائب المعاصرة بديلاً عن هيئة أو مؤسسة الزكاة، كما يجب أن تخضع هذه المؤسسات للرقابة الشرعية والمالية والشعبية والذاتية.