وقال في قضية أخرى وهي التدخين في المساجد والمآتم عند الشيعة: وإنني استغرب من المراجع عند الشيعة الذين يحرمون اللعب بالشطرنج ولا يحرمون التدخين وشتان بين ضرر كل منهما، وإنني كثيرا ما كنت ناقما على هذا الوضع وكثيرا ما أثرت هذه المسائل مع بعض العلماء فلم اجد من عنده الجرأة الكافية لمنعه وتحريمه، وأذكر ان الشهيد الصدر لم يكن يدخن ابدا وقد سألته عن التدخين فقال: انا لا ادخن وانصح كل مسلم ان لا يدخن. ولكني لم اسمع منه التحريم صراحةً، ويقال ان بعض المراجع حرمه على المبتدئين وكرهه للمدخنين وبعضهم يحرمه ولكن لا يجروء على التصريح بذلك خوفا ان يتهم بأنه يعمل بالقياس، وعلى المراجع ان يقولوا فيه قولا صريحا ولا يخشون في الله لومة لائم وعليهم ان يحرموه ولو اجتهادا منهم، اما ان يسكت العلماء والمراجع لأن الناس لا يقبلون ذلك فهذه مشكلة، أو انهم يخافون من ردة فعل المدخنين فلا يقولون بكر اهته وقد سمعت بعضهم يجهد لإقناعي بأن فيه فوائد كثيرة وهذا أمر خطير له أبعاده وقد شجع شبان المسلمين الذين يعرفونه على مداومة التدخين.(1)

وكتب ضد الشيخ الخالصي نحو خمسة عشر كتاباً، لأنه أبدى ملاحظات على الطقوس المذهبية الشيعية من بينها: المجالس الحسينية، ومواكب العزاء، فانفجرت العامة في وجه الخالصي، وأصدر بعض العلماء الشيعة فتاوى بتكفيره، وتعرض لحملة تعبوية ضارية، وأثار بعض المتعاملين الشيعة الصبية والأطفال للخروج في مظاهرات سخرية ضده.

وهذا آية الله النائيني، صاحب كتاب "تنبيه الأمة وتنزيه الملة" التي أثبت فيها مشروعية الحركة الدستورية، حيث أضطر تحت تأثير العوام بجمع كل نسخ الرسالة ومن المكتبات وإتلافها، وكان يقوم بشراء نسخها من الأسواق مهما كانت قيمتها تجاوباً مع العوام.