كما تفاخر أثناء تلك الحملة الانتخابية أيضاً بقيامه باقتحام الطائرة التي اختطفها الفدائيون الفلسطينيون، والذين قادوها إلى تل أبيب للتفاوض لإطلاق الأسرى الفلسطينيين من السجون، فقاد باراك مجموعة من العسكريين الصهاينة، واقتحم الطائرة، وقتل الفدائيين الخمسة الذين اختطفوها، ومن بشاعة وحقد باراك على العرب، فقد وزع صوراً له، وهو يحمل مسدساً مشهراً، ويدوس بقدمه جثة أحد الفدائيين الفلسطينيين(3). ليدلل على قوته وجبروته في ذبح العرب وتصفيتهم.

وبين عامي 1983-1985 كان يرأس شعبة الاستخبارات العسكرية، ووجه اهتمامه في تلك المرحلة لقتل رموز منظمة التحرير الفلسطينية، فأوصى حكومته بضرب مقر المنظمة في تونس، وحين حصل على الموافقة، شارك في غرفة العمليات المتقدمة التي شكلت لقصف مقر المنظمة في "حمام الشط" في تونس.

وفي بداية الانتفاضة الأولى عام 1987 كان يتولى قيادة المنطقة الوسطى، ثم أصبح نائباً لرئيس الأركان، واقترح أن يبنى سجناً في النقب للفلسطينيين المنتفضين، وعلى اقتراحه بني سجن (أنصار 3). واقترح تشكيل كتائب الموت والمستعربين، التي تتشكل من جنود صهاينة مدربين، يرتدون اللباس العربي، ويندسون بين الجماهير الفلسطينية، لتقوم بمساعدة القوات الصهيونية بإلقاء القبض على المنتفضين، وكشف قيادتهم، وتصفية كوادر الانتفاضة.

وطور عمل المستعربين، حين شكل شبكة قوية ضمتهم مع مجموعة من كبار ضباط الجيش والأمن، قامت بتطوير أدائها في إلقاء القبض على نشطاء الانتفاضة. وكان صاحب فكرة الإغلاق التام للضفة الغربية، وإطلاق يد وحدات المستعربين وأفراد الشاباك عام 1992 ضد أبناء الانتفاضة.