ولاقى المؤتمر رفضاً وامتعاضاً شعبياً من كافة الفئات داخل المجتمع المصري، وتمثلت في ردة فعل القوى والأحزاب الوطنية والقومية على المؤتمر التطبيعي، حين عقد مؤتمران للقوى الوطنية والقومية والشخصيات العلمية والثقافية، رداً على مؤتمر ماريوت التطبيعي، وأكد المؤتمران بأنهما يرفضان التطبيع مع العدو الصهيوني.

كما غابت السلطة الرسمية عن حضور هذا المؤتمر، فلم يحضره الرئيس حسني مبارك، كما كان متوقعاً، كما أنه لم يرسل رسالة إلى المؤتمر كما جرت العادة.. أو كما صرح من قبل، صلاح بسيوني أحد زعماء التطبيع، وأبرز دعاته، والذي يرأس ما يسمى بجمعية القاهرة للسلام. ولم يحضر وزير الخارجية السيد عمرو موسى، الذي قدم اعتذاراً عن حضوره بسبب متابعته للتطورات السياسية.

وكان من أخطر نتائج هذا المؤتمر التطبيعي، الفقرة التي وردت حول القدس العربية المحتلة، فقد جاءت كما أراد الصهاينة، وما يعلنون بوحدة القدس، وأنها ستكون عاصمتهم الأبدية. فقد جاء في نص المؤتمر حول القدس ما يلي: (ضرورة إيجاد حل في المفاوضات النهائية، تضمن الاحتفاظ بها كمدينة موحدة غير مقسمة. والاعتراف بالحقوق الوطنية للفلسطينيين.). وهكذا باع المتطبعون القدس، واعترفوا بها عاصمة موحدة للكيان الصهيوني، قبل كل العالم الرافض لهذا الطرح، وفق قرارات الأمم المتحدة الشهيرة 242 و 338. فلا غرابة أن ينحدر هؤلاء إلى هذا الدرك المخزي.(5)