تعود القصة إلى وجود معبد يهودي في القاهرة، يقع في شارع سبيل الخازندار بالعباسية منذ زمن بعيد. وبعد خروج اليهود من القاهرة، بعد ثورة تموز (يوليو) 1952، وخاصة بعد العدوان الثلاثي تم تخزين كتبهم في مخزن المعبد. وبعد اتفاقيات كامب ديفيد بين مصر والعدو الصهيوني، وظهور المركز الأكاديمي الصهيوني في القاهرة، بدأ المركز يسعى لإعادة الروح لهذه الكتب.

طرح شمعون شامير أول مدير للمركز على السلطات المصرية، بعد أن زار المعبد، إعادة تصنيف الكتب الموجودة في مخزن المعبد، تحت ذريعة حماية التراث اليهودي في مصر. فوافقت السلطات المصرية على اقتراحه، شرط أن يقوم به مصريون، بإشراف هيئة الآثار المصرية، وقسم الآثار اليهودية بالهيئة، التي يرأسها النبوي سراج.

وأثناء عمليات التصنيف، وجدت هيئة الآثار عدداً من الكتب اليهودية، تسيء للإسلام ولنبيهم، فجرت مصادرتها من قبل الهيئة. بعد تنقية ما يزيد على 60 ألف كتاب، وانتهاء عمليات التصنيف والتنقية. أقام المركز الأكاديمي حفلاً لافتتاح مكتبة المعبد اليهودي (شاعار هاشامايم) أي بوابة السماء، والذي يقع في شارع عدلي بالقاهرة. وحضر الافتتاح في 24 كانون الأول 1989 شيمون بيريز، الذي كان يشغل منصب وزير الخارجية آنذاك.

وعلى أساس أن المكتبة خالية من الكتب كما جاء من قبل لجنة التنقية، التي تسيء للمسلمين وللرسول محمد عليه الصلاة والسلام، إلا أن ما جبل عليه الصهاينة من غدر وخداع ونقض للعهود، ظهر حتى في هذا الأمر، حين اكتشف، أن المركز الصهيوني قد أخفى عدداً من الكتب القذرة التي تسيء للإسلام وللنبي ولنساء المسلمين.

فقد استطاع المركز أن يغذي عدداً من الباحثين والدارسين المصريين، الذين زاروا مكتبات المعابد اليهودية بمصر بالمعلومات الكاذبة والمزورة عن الإسلام والمسلمين. ومنها كتاب جاء تحت عنوان (محمد.. قصة حياته وبداية ولادة الإسلام) لكاتب يهودي يدعى /الدكتور ش برينفلد/.