ثم صدر أمر ملكي بتاريخ 5/9/1397ه‍بتعيين معالي الشيخ عبدالعزيز بن محمد بن إبراهيم آل الشيخ - حفظه الله - رئيساً لها بمرتبة وزير وبهذا التوحيد أصبحت هناك مركزية للرئاسة العامة للهيئة في كافة مناطق المملكة ، وبدأت في الأخذ بالأسلوب الإداري الحديث، وازدادت العناية بجانب الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر ، وبدأت الهيئة ترتبط بفروعها من خلال وسائل الاتصال الحديثة ، وقد هيأ لها ذلك الإحاطة بكافة ما يجري ويقع من أحداث في مناطق المملكة بالسرعة المطلوبة عن طريق اتصالها بفروعها ، بالإضافة إلى إنشائها العديد من تلك الفروع والمراكز في المناطق والمدن ، والقرى ، والمناطق النائية ، بل في مختلف الأحياء ثم صدر نظام هيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر بموجب المرسوم الملكي ذي الرقم ( م / 37) والتاريخ 26/10/1400ه‍ الذي نظم أعمال الرئاسة تنظيماً حسناً ، وأخرجها في طور جديد

ويتكون النظام من إحدى وعشرين مادة مقسمة على أربعة أبواب تحت العناوين الآتية :

الباب الأول : تشكيل الرئاسة العامة لهيئة الأمر بالمعروف وما يتبعها .

الباب الثاني : صلاحيات الرئيس العام .

الباب الثالث : تعيين وترقية أعضاء وموظفي الهيئات و تأديبهم .

الباب الرابع : واجبات الهيئة في المدن والقرى .

وقد أعطى هذا النظام هيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر عدداً من الصلاحيات.

الامر بالمعروف والنهي عن المنكر في عهد الملك فهد – رحمه الله -

اهتمت الدولة السعودية المباركة بجانب الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر ، بل إنها تميزت وانفردت عن غيرها من سائر الدول الإسلامية في إيجاد جهاز مستقل كبير يعنى بجانب الاحتساب على المخالف ، وتذكير المقصر في جانب المعروف ، والأخذ على أيديهما إن اقتضى الأمر ذلك ، حتى أصبحت الرئاسة العامة لهيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر جهازاً مستقلاً يرتبط مباشرة برئيس مجلس الوزراء ويعين رئيسه بأمر ملكي برتبة وزير .