ومن جديد أكدت كتائب القسام في بيان لها بتاريخ 29/6/2004م أن عملية تفجير الموقع العسكري الصهيوني "محفوظة" هي عملية تنفرد بها كتائب القسام دون الاشتراك مع أي من فصائل المقاومة في التخطيط لها والتنفيذ، وأن من أعلنوا أنهم شركاء في هذه العملية لم يشاركونا فيها سوى بالإعلان الكاذب، مؤكدة أنهم "لم يكونوا على علم بأي من تفاصيلها أو وقتها أو مكانها وزمانها".

وقالت كتائب القسام في بيانها أنه "بعد عملية تفجير الموقع الصهيوني العسكري المسمى موقع "محفوظة" جنوب قطاع غزة، هذه العملية النوعية التي بدأ مجاهدو كتائب الشهيد عز الدين القسام التخطيط والإعداد لها منذ استشهاد الشيخ الإمام أحمد ياسين مباشرة، وبعد أن وفق الله تعالى المجاهدين في تخطيطها وتنفيذها بنجاح، تفاجئنا بأن مجهولين يتصلون بوسائل الإعلام، ويبلغونهم أن العملية مشتركة بين كتائب القسام وكتائب شهداء الأقصى، واعتبرنا الأمر في بدايته لا يتجاوز خللاً وقع به بعض أعضاء كتائب شهداء الأقصى، فأصدرنا بياننا حول العملية وأعلنا مسئوليتنا، ولكننا تفاجئنا مرة أخرى بعد ساعات من تنفيذ العملية بصدور بيان مشترك بين كتائب القسام وكتائب شهداء الأقصى، وتذيعه بعض وسائل الإعلام، فبادرنا بالاتصال بالكثير من وسائل الإعلام ومراسليهم، وأكدنا لهم جميعاً أننا لم نصدر بياناً مع أحد، وإننا لم نرَ أو نسمع بالبيان إلا من وسائل الإعلام فقط، وبادرنا بالاتصال مع إخواننا في كتائب الأقصى وسألناهم عمن يقف خلف هذا البيان، وكيف يزج باسم كتائب القسام في بيان مشترك لا نعلم عنه شيئاً، فأكد جميع من اتصلنا بهم عدم معرفتهم بالبيان ومن يقف خلفه، واتصلنا ببعض عناصر شهداء الأقصى الذين ظهروا في بعض وسائل الإعلام وتبنوا العملية بشكل مشترك، وسألناهم من خولهم بتبني العملية عنا، وكيف تم ذلك؟ فأكدوا أنهم لا يعلمون شيئاً سوى أنهم تلقوا أمرا بالإعلان عن العملية بشكل مشترك".