على أساس منهجية العلوم نفسها وأقسامها، فمثلا: بعد أن يبحث التطور البيولوجي للكائنات الحية ويصل إلى بحث أطوار تكون الجنين، كما يقول العلم وكما يذكره القرآن، يقول: «والعلم يتوافق مع القرآن في ذلك توافقية تامة رائعة»، وأحيانا يستخدم الحديث النبوي بنفس المعنى، وفي فصل آخر بعد أن يبحث الكون ونظرياته المختلفة يقول (1): «ووجدت أنه كتاب الله المنظور الذي لا يتعارض ما فيه من آيات في الآفاق مع كتاب الله المقروء (القرآن الكريم)، واكتشفت كيف مسّ القرآن الكريم توازن الكون الأعظم مسّا رقيقا في إشارات كونية غاية في الدقة والشمول والصدق»، ولأن هدفه، كما قلنا، إيماني إرشادي، فبعد أن يقرر الحقيقة القرآنية وتوافقها مع الحقيقة العلمية نراه يقول (2): «وتوصلت إلى التوافقية بين القرآن والفيزياء الكونية في تحديد خواص الدخان الكوني الأول، ووجدت خطوات البحث تقودني منطقيا إلى الله خالق كل شيء وإليه المصير»، بل نراه يعقد فصلا كاملا لبحث (المفاهيم النهائية التي يمكن الخروج من الحقائق القرآنية وما يخدمها من الآراء العلمية) ..

إنه، إذن، يأخذ حقائق العلم التي تخدم حقائق القرآن، ليبرهن بعد ذلك على وحدانية الله في هذا الكتاب المعجز، إنه كتاب نموذج للتعبير عن العلاقة الأساسية للعلم بالدين الإسلامي من خلال القرآن، فهو، إذن، على الطريق السوي الذي حدد شروطه التفسير العلمي للقرآن وضوابطه لا خارجا عنها، رغم أنه يستوعب كل مفردات العلوم، نظريات وقوانين وحقائق، ولكنه لا يفتأ أن يعود لارتباطها بالقرآن الكريم وهدايته وإرشاده وإعجازه.

فبعد أن يبحث الكون، نظريات وحقائق في ضوء الفيزياء الكونية يقرر أن توازن الكون من آيات الله في الآفاق، فيصل إلى «أن هذا الكون المعجز ببنائه المذهل، في اتساعه الرائع، في حركته واتزانه، هذا الاتزان الدقيق، لو اختل قيد شعرة، منذ البدء، في أية جزيئة من جزئيات قوانينه، لا نفرط عقد هذا الكون وانهار كل ما فيه ومن فيه». وبعد أن يستشهد بالآيات القرآنية المعبرة عن هذه الحقيقة، بعد كل هذا نراه يقول (3): «لقد جاء العلم، وجاء العلماء بألف ألف دليل على صدق ما ورد في القرآن الكريم، جاء بألف ألف دليل على وحدة الكون والسماء والأرض والذرة