الكريم يطابق العلوم، أو يوافق العلوم الطبيعية بهذا المعنى الذي تستقيم به العقيدة ولا تتعرّض للنقائض والأظانين كلما تبدلت القواعد العلميّة، أو تتابعت الكشوف بجديد ينقض القديم أو يقين يبطل التخمين، وفضيلة الإسلام الكبرى أنه يفتح للمسلمين أبواب المعرفة ويحثهم على ولوجها والتقدم فيها، وقبول كل مستحدث من العلوم على تقدم الزمن، وتجدد أدوات الكشف ووسائل التعليم، وليست فضيلته الكبرى أن يقعدهم عن الطلب وينهاهم عن التوسع في البحث والنظر لأنهم يعتقدون أنهم حاصلون على جميع العلوم». لا شك أن تخوّف العقاد، ومن معه، من التفسير العلمي كان بسبب التفسيرات العلمية التي ظهرت في زمنهم، والتي كانت فعلا منحرفة جدا وغير مستندة على أساس علمي منهجي، حتى أن الشيخ طنطاوي جوهري كان يؤمن بأن القرآن لا يفسّر إلا بالعلم الحديث، فكتب تفسيره ومزج فيه الآيات القرآنية بالعجائب الكونية، ويؤكد أن القرآن سر العلوم.

لقد لخص الدكتور عفت محمد الشرقاوي، في كتابه «الفكر الديني في مواجهة العصر»، حجج الذين يعارضون التفسير العلمي بالنقاط التالية (1):

1) إن الفهم الدقيق للألفاظ يحتم علينا فهمها في حدود الاستعمال الذي نزلت فيه، وهذا يحول بيننا وبين التوسع في جعلها تدل على معان لم تعرف بها وقت نزول القرآن.

2) يجب أن نقف بعبارات القرآن عند ما فهمه العرب الخلّص، ولا نتجاوز ما ألفوه في علومهم وأدركوه من معارفهم، لأننا نعتقد أن البلاغة هي مراعاة مقتضى الحال.

3) إن مهمة القرآن دينية اعتقادية وليست علمية.

4) ينبغي أن لا نقحم النظريات العلمية على القرآن الكريم، أو نعتبر أن القرآن الكريم مطالب بموافقتها كلما تغيرت من زمن إلى زمن، ومن تفكير إلى تفكير.

5) إن إدخال التفسيرات العلميّة على الإشارات القرآنية، وبالصورة التي جرى عليها بعض الكتاب والعلماء، لا بد أن يفضي، عما قريب أو بعيد، إلى الصراع بين الدين والعلم.

6) التفسير العلمي يحمل أصحابه على تأويل القرآن تأويلا متكلفا يتنافى مع الإعجاز ولا يسيغه الذوق السليم.