واشتمل برنامج الجامعة على أنشطة يومية في مجالات القراءة والصلاة والمناقشات الأخلاقية، لضمان تحقيق أهداف الجامعة الخلقية. كما تضمن البرنامج تراتيل دينية، ولقاء مساء كل أحد، لممارسة بعض أشكال التطهر الروحي والأخلاقي. وكان يواظب على حضور هذا اللقاء 40 طالباً، بعضهم من المسلمين!! كما نظم اتحاد الطلاب برامج عنيت بالجوانب السلوكية والدينية، وتناول الأسئلة المهمة في حياة الشباب، لكن منعت المقارنات الدينية والمناقشات السياسية العلنية، منعاً باتاً منذ البداية، لتجنب الوقوع في براثن القوانين المصرية، وأيضاً لمنع إثارة أية حساسيات ضد الجامعة.

ويعتقد "أمير بقطر" أن هذه البرامج الحديثة نجحت لأن: "إظهار المعلمين ألوانهم على نحو واضح ومحدد، ودون أي مراوغات، نال إعجاب الطلاب"(1).

ولقد وقف بعض رجال الصحافة المصرية، خلال هذه الفترة إلى جانب الجامعة الجديدة فنشروا –بتأييد كبير- برامجها ونظمها وأعلنوا عن مميزاتها. ومن هؤلاء "فارس نمر" محرر "المقطم" الذي بذلك جهوداً مضنية في هذا المضمار. كذلك لعبت "الأهرام" دوراً مهماً في هذا الشأن حيث نشرت كثيراً من التقارير الصحفية حول نشاط الجامعة(2).

وبلغت المصروفات الجامعية، في هذه الفترة 16 جنيها مصرياً (حوالي 80 دولاراً) في العام بالإضافة إلى مبلغ 13.5 ثلاثة عشر جنيهاً ونصف (67.5دولاراً) نظير وجبة غذاء إجبارية تقدم للطالب ظهراً. وكان معنى ذلك، أن الجامعة، منذ بدايتها، مؤسسة لخدمة طلاب الطبقات الاجتماعية الأرستقراطية فقط، وذلك على نقيض السياسات التي معمولاً بها في مدارس الإرسالية الأمريكية الأخرى(3).