وسافر "واطسن" إلى واشنطن في يوليو سنة 1919م لاعتماد القرار النهائي بإنشاء الجامعة الأمريكية بالقاهرة. ووافقت إدارة التربية بمنطقة كولومبيا بالولايات المتحدة الأمريكية على الترخيص بتأسيس الجامعة الجديدة. ونظراً لظروف الحرب، لم يكن بالإمكان اتخاذ إجراءات افتتاحها رسمياً، حتى بعد وضع لائحتها، والحصول على مكان لها، وجمع تبرعات واسعة. فضلاً عن تعيين مديري الأقسام. وانشغل "واطسن" طوال سنوات الحرب بالمساهمة في وضع برامج إغاثة ضحايا الحرب في أوروبا، ثم شارك، بعد الحرب، في مؤتمر السلام الذي عُقد في "فرساي" ممثلاً مصالح الإرساليات التبشيرية الألمانية.

وتقرر افتتاح الجامعة، واستقبال الطلاب في عام 1920م، وكلف "روبرت ماكليناهان"، مدير كلية أسيوط سابقاً، يتولى مسئولية إدارة المؤسسة الجديدة بالقاهرة، كان معظم أعضاء هيئة التدريس من الأمريكيين. ولكن تم تعيين بعض المصريين، من بينهم "أمير بقطر"، المتخرج في أسيوط، والذي درس بمدارس الإرسالية الأمريكية في بني سويف، وكان معروفاً عنه تحليه بمهارات العمل مع كل من المصريين والأمريكيين. وعمل في بداية نشأة الجامعة، سكرتيراً مترجماً، ثم تولى مناصب أخرى إلى أن أسند إليه إدارة قسم التربية. ومن المصريين الذين عملوا بالجامعة خلال هذه الفترة، "إسماعيل حسين محمد" (مدرس اللغة العربية)، و"إسماعيل حسين مصطفى" (مدرس الرياضيات)، و"إبراهيم مسيحة" (مدرس الجغرافيا)، و"حبيب اسكندر" (مدرس وإداري) و"خليل رزق" (نائب رئيس الجامعة في فترة لاحقة)، و"اسطفانوس خليل" (ضابط الجامعة) (1).

وتأسست لجنة لتوجيه سياسة الجامعة، من أعضائها "واطسن" و"ماكليناهان"، تضطلع بمسئوليات تخطيط ميزانية الجامعة، واتخاذ معظم القرارات الرئيسية في القاهرة، والإشراف على أوجه الإنفاق المختلفة وتحديد البرامج الدراسية، وتعيين المدرسين.