استقر الأمر إذن، على أن تكون الجامعة الناشئة ممثلة للكنيسة البروتستانتية، وتضم قسماً للبنين فقط، مهمته إعداد الطلاب لمواصلة التعليم في مصر، أو بيروت، أو أوروبا وأمريكا، لكن الذين لا يرغبون في الاستزادة من التعليم، يمكنهم الانخراط في الحياة المصرية بشكل فعال، ويمكن أن يتيح هذا القسم للطلاب بعض التسهيلات في الإقامة. فضلاً عن ذلك تمنح الجامعة الجديدة، تدريباً متقدماً، في ميادين التعليم، والهندسة، والاقتصاد، والصحافة، والعقيدة، والقانون.

وهكذا برز إلى السطح، ثلاثة معايير أساسية: أولها: أن تكون المؤسسة الناشئة في مستوى جامعي حقيقي، وثانيها: تكريسها لمستوى رفيع من الكفاءة، وأخيراً: أن تكون -هذه المؤسسة- ذات توجه مسيحي. ومن ثم، كان لابد أن يتكون مجلس الأمناء بموافقة مجلس الإرساليات الأجنبية، من أجل ضمان ألا يسيطر على الجامعة الناشئة، سوى الكنيسة المشيخية، وهذا في حد ذاته يضمن التزامها بالمثل المسيحية.

وثار جدل في مجلس الأمناء حول اسم الجامعة الجديدة. هل يطلق عليها "الجامعة المسيحية". أو "المؤسسة الأمريكية للتعليم المسيحي في مصر والشرق الأدنى"، أم تسمى "مجتمع كليات القاهرة"؟ وفي ديسمبر 1917م، صوّت الأمناء بالموافقة على إطلاق اسم "الجامعة الأمريكية بالقاهرة" A.U at Cairo نتيجة اعتراض أحد كبار المسئولين في الحكومة المصرية على الاسم السابق. ومع ذلك استمر القائمون على الجامعة يستخدمون اسم "الجامعة المسيحية" فيما بينهم(1).

وفي هذا الوقت، بدأ "واطسن" حملات واسعة لجمع التبرعات اللازمة لإقامة المؤسسة الجديدة. وكان يسانده في هذا الشأن "جورج إنيس" رجل الأعمال المعروف بفيلادلفيا، و"وليم بانكروفت هيل" وزوجته، واللذين سبق الإشارة إلى أنهما من أثرياء الولايات المتحدة، وكرسا حياتهما لخدمة الجامعة الأمريكية متبرعين بأكثر من مليون دولار خلال الفترة من 1915م إلى 1945م.