وكانت كلية أسيوط، ومعها معهد برسلي التذكاري للنساء قد بدءآ نشاطهما عام 1865م في وقت واحد. وكان دورهما الرئيسي تدريب النشء المصري من البروتستانت. بيد أنهما كانا يضمان أيضاً مسلمين ويهود وغيرهم. وقد بلغ عدد المسلمين المدونين في سجلات هذين المعهدين عام 1882م :566 طالباً وطالبة، أي حوالي 18% من إجمالي عدد الطلبة البالغ 3070 طالباً، وكان مما يدعو "واطسن" للأسف أنه لا يوجد مؤسسة شبيهة بكلية أسيوط في القاهرة(1).

بدأت فكرة "الجامعة الأمريكية" تطفو على السطح للمرة الأولى في عام 1899م، حيث دعت ثلاث إرساليات تبشيرية، من بينها الإرسالية التي كان يخدم بها "أندرو واطسن" والد "شارلز واطسن"، إلى تأسيس "كلية مسيحية بروتستانتية" تقوم على أساس التعليم باللغة الإنجليزية، وتتشابه مع كلية "روبرت" في استانبول، أو "الكلية البروتستانتية السورية" (التي أصبح اسمها فيما بعد الجامعة الأمريكية في بيروت) (2).

وأكد المسئولون عن هذه الإرساليات أن المجتمع المصري في حاجة إلى مؤسسة تعليمية من هذا النوع، يرحل حوالي 60% من شباب مصر، سنوياً، إلى بيروت للحصول على فرص تعليمية متقدمة، واعتقد هؤلاء المسئولون أن التقدير المبدئي لعدد الملتحقين بالمؤسسة المزمع إنشاؤها لا يقل بحال من الأحوال عن 500 طالباً(3).