تعود أصول فكرة إنشاء جامعة أمريكية في مصر إلى قيادات إرساليات التبشير الديني التي بدأت في التوافد على مصر وممارسة أنشطتها التبشيرية التعليمية منذ منتصف القرن التاسع عشر. ورغم الشعارات الإنسانية والروحية البراقة التي روج لها خطاب إرساليات التبشير الديني بوجه عام، فمن المهم الإشارة إلى أن كثيراً من الدراسات التاريخية والاقتصادية، أكدت بما لا يدع أي مجال للشك، أن هذه الإرساليات لعبت دوراً مهماً في تثبيت أركان الاستعمار الأوروبي، وتحقيق اندماج بلدان العالم الثالث في السوق الرأسمالي العالمي. وبهذا المعنى، كانت الإرساليات أدوات للاستعمار من الناحية العملية، مثلها في ذلك، مثل الجنود والتجار، والمستكشفين.

ولم تكسر الإرسالية الأمريكية في مصر هذه القاعدة، فلقد كان "شارلز واطسن" Charles Watson مؤسس الجامعة الأمريكية، يؤيد بشدة الاحتلال البريطاني، حتى أنه في كتاباته أشاد بإعلان "لورد روزبري" Lord Roseberry "الإمبراطورية البريطانية تعد بحق: أعظم قوة مدنية للخير عرفها العلم(1)"

ومن ثم، يمكن القول إن دور الكنيسة كان يتمثل أساساً في الإبقاء على العلاقات الاجتماعية للاحتلال، بوصفه امتداداً للدور الذي لعبته في الإبقاء على العلاقات الاجتماعية الرأسمالية في أوربا.