ويرجع الجهد في تأسيس هذه المؤسسة التنصيرية الأمريكية بالقاهرة، إلى (تشارلز روجر واطسون)، ابن المنصر الخطير (أندرو واطسون). وكان (تشارلز) في عام 1912م قد بدأ في دراسة نظام التعليم في مصر، ووضع في مُخيلته بعض التصورات بشأن تطوير النشاط التنصيري، ونقله من مجال التلاميذ والصبية إلى مجال وجدان الشباب. وسافر بعد ذلك إلى أمريكا في عام 1914م، وعندما اجتمعت (الكنيسة المشيخية الأمريكية)، في نيويورك، يوم 30 نوفمبر عام 1914م، اجتماعها الدوري، وكان حاضراً هذا الاجتماع بعض رجال الأعمال الأمريكيين، الذين يمولون النشاط التنصيري الأمريكي في وادي النيل، برئاسة الدكتور (مكلوركن). عرض عليهم (تشارلز واطسون)، فكرة إنشاء مؤسسة تنصيرية شابة في القاهرة، تحت اسم (جامعة القاهرة الأمريكية)، وطلب منهم كذلك (أن يرفعوا صلاة الرب كي يساعده في تحقيق هذا الحُلم) (1).

وبعد عودته إلى القاهرة في عام 1919م، وجد أنه قد صدر مرسوم بإنشاء الجامعة المصرية، (جامعة القاهرة). فبدأ (تشارلز واطسون) مفاوضاته لشراء مبنى الجامعة الأهلية، والتي كانت تشغل مبنى كبيراً في ميدان الإسماعيلية (ميدان التحرير حالياً)، والتي سوف تكون النواة للجامعة المصرية، والتي سوف تنُقل إلى (الجيزة) (2). وكانت (الجامعة الأهلية) تشغل سراي الخواجة (جناكليس)؛ وهو المبنى الذي اشتراه (تشارلز واطسون) في عام 1920م فعلاً.

وقد سُميت الجامعة الأمريكية في القاهرة، في البداية باسم (مدرسة لنكولن للدراسات الشرقية) حيث أدمج فيها المركز الدراسي لإعداد المنُصرين الجُدد. "وأصبح أعضاء حفل العشاء يشكلون مجلساً يرسم سياسة الجامعة في مختلف النواحي المالية والإدارية والدراسية، كما يقوم هذا المجلس بتعيين رئيس الجامعة، ويسمى هذا المجلس –القائم حتى اليوم- بمجلس (الأوصياء).