ومع أن الجامعة الأميركية لم تعلن سياستها التبشيرية في مطلع حياته خوفاً من أن يغلقها العثمانيون، فإنها لم تأل جهداً في التبشير في كل درس. حتى في الدروس التي لا صلة خاصة بينها وبين الدين، كانت المبادئ المسيحية موضع تأكيد وتزيين كلما سنحت لذلك فرصة، فمن أمثال ذلك مثلاً أن درس اللغة الإنكليزية كان يستغل في نقل نصوص التوراة الإنكليزية إلى العربية، وفي هذه الأثناء ينتقل إلى مناقشة المشاكل الدينية من الزاوية التبشيرية طبعاً(1).

وهذا أمر غير مستغرب في المدارس التبشيرية، لقد قرر مؤتمر القدس المنعقد عام 1935م أن يستغل كل درس في سبيل تأويل مسيحي لفروع العلوم كالتاريخ وعلم النبات الخ(2).

ومع أن الجامعة الأميركية، كما يقول بنروز، لم تفكر بأن تفرض المذهب البروتستانتي على طلابها فرضاً، فإنها كانت تستغل كل فرصة سانحة ليعرف أولئك الطلاب الحقيقة كما تريدها النصرانية البروتستانتية. وكان الدخول إلى الكنيسة فرضاً على كل تلميذ(3).

واتفق في عام 1909م أن احتج الطلبة المسلمون على إجبارهم على الدخول إلى الكنيسة فاجتمعت عمدة الجامعة الموقرة! وأصدرت منشوراً طويلاً جداً، جاء في مادته الرابعة ما يلي:

إن هذه كلية مسيحية، أسست بأموال شعب مسيحي: هم اشتروا الأرض وهم أقاموا الأبنية، وهم أنشأوا المستشفى وجهزوه، ولا يمكن للمؤسسة أن تستمر إذا لم يسندها هؤلاء، وكل هذا قد فعله هؤلاء ليوجدوا تعليماً يكون الإنجيل من مواده فتعرض منافع الدين المسيحي على كل تلميذ.. وهكذا نجد أنفسنا ملزمين بأن نعرض الحقيقة المسيحية على كل تلميذ.. وأن كل طالب يدخل إلى مؤسستنا يجب أن يعرف مسبقاً ماذا يطلب منه.