وقد فرضت الحكومة المصرية الحراسة على الجامعة الأمريكية، ورحلت هيئة التدريس، وعينت حارساً قضائياً، ولكن الحارس قام بدور خطير في إقناع الحكم المصري بإبقاء الجامعة أمريكية الهوية كما هي، وسهل إجراءات اعتراف الحكومة بالجامعة الأمريكية.

وخلال هذه الفترة تولى كريستوفر ثورون إدارة الجامعة، وكان ثورون عميلاً للمخابرات الأمريكية، فعمل مع إدارته للجامعة لحساب المخابرات أيضاً، وقد سعى في توسيع صداقاته داخل مصر، وكوّن علاقات حميمة مع موظفي الخارجية المصرية! وبهذا يظهر هدف آخر غير معلن للجامعة تسعى لخدمته من أجل رعاية المصالح الأمريكية.

وكانت الجامعة في هذه الفترة حريصة على نيل الاعتراف الرسمي الكامل بها كنشاط وكشهادات علمية بما يضمن لها البقاء في ظل التغيرات العميقة التي تطرأ على الحالة المصرية بين آونة وأخرى، وقد حققت الجامعة بعضاً من ذلك خلال هذه الفترة.

الفصل الثامن: الجامعة الأمريكية في ظل الانفتاح الاقتصادي :

وهو العهد الذي أعاد للجامعة سيرتها الأولى، فمع موت عبد الناصر ومجيء السادات انفرجت الأمور وبدأت مفاوضات للاعتراف بالدرجات العلمية للجامعة مقابل تعيين 45% من الأساتذة من مصر مقابل نفسن النسبة من الأمريكيين، والباقي يتم استكمالهم من باقي الجنسيات، وأن تكون الوظائف الإدارية للأمريكيين، وألا يقل عدد الطلاب المصريين عن 75% والأمريكيين 10% والباقون من العرب، وطلبت الحكومة أن يتم تعيين مستشار للجامعة ومجلس استشاري لها من المصريين.

وبالفعل تم الاعتراف بالجامعة كما أرادت لنفسها من حيث الهوية والاستقلالية والدرجات العلمية التي تمنحها وفق بروتوكول موقع عليه من وزير التعليم ورئيس الجمهورية شخصياً.