كل هذا أدى لأن تسير الجامعة في إطار أكثر حذراً وأقل انفتاحاً، وأكثر اعتباراً لما يثير الرأي العام. وبدا الدور التبشيري أكثر انكماشاً وأظهرت الجامعة لوناً من الحرص على المصلحة الوطنية والانتقاد العلني للمواقف الأمريكية، بصورة تعطي انطباعاً باستقلاليتها وبعدها عن السياسة الأمريكية بما يدعم وجودها في مصر، ويدعم مبادئها المعلنة في الحرية والديمقراطية التي كانت تتبناها الثورة.

كما تأثرت الجامعة بالعدوان الثلاثي على مصر نتيجة لتأميم قناة السويس فرحل أعضاء هيئة التدريس وفتحوا جامعة في المنفى.

لكن ما لا ينبغي إغفاله أن الدعم الأمريكي لم ينقطع عن الجامعة حتى في هذه الفترات.

وكان للجامعة رجالها حتى في ظل حكم الثورة، وقد وسطت الجامعة محمد حسنين هيكل من أجل تخفيف بعض القيود وإزالة بعض المخاوف، وجاءت إجابة عبد الناصر فوق الإيجابية!.

والغريب أنه رغم صدور عدة قوانين على مدار عمر الجامعة تنظم شأن المؤسسات التعليمية الأجنبية من حيث الإشراف والمناهج وهيئات التدريس إلا أن الجامعة نجحت في الإفلات من جميع هذه القوانين، وظلت هي المؤسسة التربوية الوحيدة في مصر التي تدار فعلياً دون إشراف من الحكومة المصرية.

كما لعبت الجامعة دوراً مكنها من أن تكون يد الحكومة الأمريكية في مصر وأداتها في الحفاظ على مصالحها في منطقة الشرق الأوسط، وهو ما يثير التساؤل حول نجاح الجامعة في اختراق جميع مؤسسات الدولة.