لم يكن لثغر الإسكندرية وجود قبل أن ينشئ المدينة الإسكندر الأكبر عقب غزو مصر. توفي الإسكندر سنة 323ق.م. بعد أن وضع حدا للثقافة الإغريقية التي كانت تتميز بالتمسك بالفكر اليوناني، وقصره على نفسها، وبدأت الثقافة «الهلنستية»؛ أي تلك التي امتدت خارج بلاد اليونان في سائر العالم المعروف في ذلك الزمان، والذي أخضعه الإسكندر لسلطانه يبغي إنشاء «عالم واحد» وثقافة واحدة. ولكن المؤسس الحقيقي لهذه المدينة التي قدر لها أن تكون مركز العلم والفلسفة والثقافة في العالم الجديد، هو بطليموس الأول، الذي حكم مصر بعد موت الإسكندر، وكان صديقه ورفيق صباه، واشترك معه في حملات آسيا الصغرى، فلما أسس الإسكندرية، دفن فيها رفات الإسكندر، وأنشأ بها الفنارة إحدى عجائب الدنيا السبع، وأنشأ المتحف والمكتبة. استمر حكمه حتى سنة 285، فلما تولى ابنه (285-247) بطليموس فيلادلفوس كان حكمه امتدادا لحكم أبيه، ثم بلغت دولة البطالسة ذروة مجدها في ظل بطليموس الثالث (247-222).
كان بطليموس يعرف أن مجد الدول وارتفاع منزلتها وخلود ذكرها، يرجع في المحل الأول إلى ما يسودها من علم وعرفان، وأن دولا كثيرة كانت تمتاز بوفرة المال أو قوة السلطان، ومع ذلك زالت ولم يبق لها في التاريخ ذكر؛ لذلك اتجه بطليموس في منافسته لأثينا بوجه خاص إلى انتزاع زعامتها الفكرية عنها؛ وذلك بإنشاء مدرسة فلسفية على نسق الأكاديمية أو «اللوقيون»، فكانت مدرسة الإسكندرية أقرب إلى «اللوقيون» منها إلى الأكاديمية، بحكم أن ديمتريوس وسطراطون اللذين وضعا دعائم المدرسة كانا خليفتين على «اللوقيون». ولكن النظام الذي جرت عليه المدرسة لم يكن مشابها تماما لمدرسة أرسطو لأسباب كثيرة؛ على رأسها أن «اللوقيون» ارتبطت باسم مؤسسها وهو أرسطو، واستمرت تبث تعاليمه المشائية، ولم تتوقف مدرسة الإسكندرية على أي شخص، أو ترتبط بأي عالم أو فيلسوف، وإنما كانت مؤسسة ثقافية تهيئ للباحثين فرصة البحث، وللدارسين مهمة الدارسة. إنها أشبه بأكاديمية علوم أو معهد عال للأبحاث، مقره في ذلك الزمان «المتحف»، وباليونانية «موزايوم»، ومنه اسم المتحف حديثا كالمتحف المصري بالقاهرة
Museum ، غير أن المتاحف الحديثة أصبحت مقرا للآثار القديمة، فتغير بذلك معناها عن الزمن القديم.
والمتحف معبد أو هيكل لربات الفنون (موزايوس) التسع، وهن بنات زيوس ونيموسيني، وهذه التسع هي ربة التاريخ، والشعر الغنائي، والكوميديا، والتراجيديا، والترانيم، والرقص والموسيقى، وشعر الغزل، والفلك، والشعر الحماسي. وهذا يدل على أن اتجاه المتحف كان في الأغلب نحو الشعر بأنواعه المعروفة في اليونانية، ولكن شهرة المتحف قامت على العلوم أكثر منها على الآداب والشعر.
بني المتحف جزءا من القصور الملكية، له طريق عام، ورواق ذو مظلة تحفه الأرائك، ينتهي إلى بيت واسع يعقد العلماء متشاركين في المتحف اجتماعاتهم في قاعته الكبيرة. وكان يشغل عدة أبنية في المدينة الملكية المطلة على الميناء، وهذا الأبنية مهيأة لشتى الأغراض العلمية. ويعيش أعضاء المدرسة معا، وما يملكونه فهو شركة بينهم. ويرأسهم كاهن كان لملك يعينه في القديم.
والمتحف أدنى إلى أن يكون معهدا للبحوث منه إلى أن يكون جامعة أو مدرسة. وليس بين يدينا من الوثائق ما يؤيد أنه مكان للتعليم. إنه تعليم بين أستاذ ومعاونيه، ولم يكن ثمة إدارة أو امتحانات، أو درجات جامعية. وكان المتحف مزودا بالأدوات والأجهزة الفلكية، وأدوات التشريح، وحدائق للنبات. ومن الطبيعي أن يستغرق بناء المتحف ونموه زمنا، وأن يحتاج مع ذلك إلى الاستقرار، وقد كفل له ذلك كله بطليموس الأول والثاني والثالث. وكان لتجربة ديمتريوس وأسطراطون الفضل في إرساء النظام الوحيد للمتحف، وكان كل منهما رئيسا لمدرسة عريقة، وعالما فاضلا. تعلم أسطراطون على يد ثاوفراسطس، واستدعاه بطليموس ليعلم ابنه سنة 300ق.م، واستمر يعمل حتى سنة 288، إلى أن رجع لرئاسة «اللوقيون» بعد وفاة ثاوفراسطس.