وحيث كانت طبيعة الدراسة تعتمد على الحوار والمناقشة، فلم يكن من المهم أن تتم الدراسة داخل قاعات مجهزة بأدوات، وبخاصة الأدوات والأجهزة العلمية، التي يحتاج إليها كل من الأستاذ والتلميذ لتوضيح بحثه. كان المحاضر في الأكاديمية يجلس فوق كرسي عال في الرواق، ويجلس حوله التلاميذ على أرائك من الحجر. وأيضا فقد كان من المألوف أن يحاضر الأستاذ وهو يمشي وحوله تلاميذه. ولم يؤثر عن أفلاطون أنه كان يحاضر من كتاب، أو حتى من مذكرات مدونة. ولكن بعض تلاميذه كانوا يقيدون عنه بعض المذكرات وبخاصة محاضراته «في الخير».
ومن طريف ما يروى أن أحد التلاميذ ذهب يستمع عن أفلاطون هذه المحاضرات التي ذاع صيتها عن الخير، فأصيب بخيبة أمل شديدة؛ لأنه سمع محاضرات في الهندسة والفلك.
والثابت أن أفلاطون كان يرى أن الفلسفة لا تدون، وقد تأثر في ذلك بأستاذه سقراط الذي أنفق حياته يناقش ويحاور، ولم يخلف شيئا مدونا. حقا ظهر قبل أفلاطون وقبل سقراط جماعة من الفلاسفة دونوا فلسفتهم في كتب، وكانت تلك الكتب متداولة، وبعضها يباع بثمن زهيد، وكان بعض تلك الكتب منظوما في قصائد مثل فلسفة بارمنيدس أو إنبادوقليس. ولكن أفلاطون اختلف عنهم؛ لأن الحكمة الصحيحة لا تدون. وقد كتب في الخطاب السابع إلى ديون ما نصه: «إن حقائق الفلسفة لا يمكن التعبير عنها بالألفاظ كما يمكن في غيرها من الموضوعات؛ ذلك أنه بعد أن يتلقى المرء المعرفة من مرشد صادق في هذه الدراسات الفلسفية، وبعد الانقطاع بعض الوقت إلى صحبة ذلك المرشد، إذا ببريق من الفهم يضيء النفس ... ولست أعتقد أن الكتب المؤلفة في هذا الباب تفيد الناس أي فائدة، اللهم إلا بالنسبة لعدد قليل ممن يستطيع أن يكشف الحق بنفسه .»
والسبب الحقيقي الذي من أجله رفض أفلاطون - كما رفض سقراط من قبل - تدوين الفلسفة، هو أن وظيفتها إحياء النفوس وصقلها وتزكيتها؛ لتكشف الحقائق بنفسها من ذات نفسها، لا أن تأخذ الحقائق عن الفلاسفة، وأن تتلقنها وتحفظها وترددها، كما أصبحت في العصر المدرسي، فجمدت وماتت.
ولكن وصية أفلاطون لم تنفذ حرفيا؛ فإن بعض تلاميذه - وبخاصة أرسطو - روى لنا آراء أستاذه، لا على سبيل الرواية التاريخية، بل ساقها في معرض النقد، كما فعل في كتاب ما بعد الطبيعة، حين صور آراء أفلاطون في أن المثل أعداد، ثم نقدها. ومع ذلك فإن الاعتماد على أرسطو في معرفة رأي أفلاطون خطر ولا يؤمن، كما أنه من الخطورة الاعتماد على أفلاطون في معرفة آراء سقراط.
فنحن نعرف أن أفلاطون كتب عدة محاورات، بقي منها ثمان وعشرون واحدة، من أهمها الجمهورية والنواميس، وأجرى فيها الحوار على لسان سقراط، مما يجعل المرء يعتقد أن ما ورد في هذه المحاورات إنما هو آراء سقراط لا أفلاطون. والحق في ذلك أن بعض المحاورات يصور أفكار سقراط، وهي المحاورات السقراطية، وبعضها الآخر يصور آراء أفلاطون، والمؤرخون مختلفون في تحديد هذا النوع أو ذاك. هذه المحاورات، سواء منها السقراطية أم الأفلاطونية، خاطب بها أفلاطون الجمهور الواسع وليس خاصة تلاميذه. وقد لقيت المحاورات نجاحا منقطع النظير، وكان الناس يقرءونها بصوت عال، وكانت تمثل على خشبة المسرح زمان شيشرون. ومع أن أفلاطون حذر طلابه من تدوين الفلسفة، وأعلن صراحة أن هذه المحاورات لا تعبر عن آرائه الفلسفية، إلا أن المتأخرين اعتمدوا عليها في معرفة فلسفته، وبخاصة في نظرية المثل. وكانت المحاورات، أو على الأقل بعضها؛ مثل فيدون، وطيماوس، والجمهورية، تدرس في الأكاديمية حتى زمانها المتأخر، ويتولى الأساتذة شرحها. وكان الطلبة الذين يرحلون إلى أثينا لتعلم الفلسفة، يجدون بغيتهم في هذه المحاورات وشروحها؛ ففي القرن الثالث بعد الميلاد نجد فرفريوس الصوري يحضر بعض الوقت على لونجينوس في أثينا شروحه على محاورات أفلاطون.